Алгоритм Нидельмана - Вунша.

Создала Excel-книгу matrix.xls и в ней построила схему переходов глобального выравнивания для следующих 2-х последовательностей:

1) Последовательность первых 4-х остатков моего белка - GLMU_ECOLI.
2) Последовательность из 5 букв, полученную следующим образом: внесла в последовательность первых 4-х остатков моего белка две любые замены и вставила дополнительную букву.

Результат выравнивания:

Оптимальный путь выделен желтым цветом.
Выравнивание, соответствующее оптимальному пути:
M-LNN
MGLIC

Вес выравнивания 0.
Параметры для построения схемы переходов:
вес совпадения = 2,
вес замены = -1,
штраф за гэп = -2.

Матрица переходов была заполнена построчно. Вес выравнивания соответствует значению последней ячейки матрицы.