Четвертый семестр

Филогенетические деревья (дополнительные задания).

Был проведен бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям выданного дерева, использовав jackknife вместо bootstrap. Для этого была осуществлена следующая последовательность команд:
fseqboot mutants.fasta -test j -auto fdnaml mutants.fseqboot -ttratio 1 -auto fconsense mutants_nj.treefile , где mutants_nj.treefile - файл, полученный при реконструкции дерева методом Neighbor-joining.
Была получена следующая информация:
- Неукорененное дерево:
```
                       +------A
                +-93.0-|
                |      +------B
         +-89.0-|
         |      |      +------F
  +------|      +-84.0-|
  |      |             +------E
  |      |
  |      +--------------------D
  |
  +---------------------------C
```
- Ветви как разбиение выглядят так:
```
A B C D E F
* * . . . .    93.00
* * . . * *    89.00
. . . . * *    84.00
```
В случае сделанного в предыдущем задании бутстреп-анализа получен тот же набор ветвей, только с меньшими бутстреп-значениями.
```
A B C D E F 
. . . . * *    78.00
* * . . . .    77.00
* * . . * *    68.00
```
Дерево было реконструировано однозначно. При jackknife надежность ветвей стала выше (т.к. их частота встречаемости больше)
Для запуска программы fretree использовалась команда
fretree 6 mutants_nj.treefile
Для того, чтобы переукоренить дерево в среднюю точку, следует выбрать букву М из предложенных вариантов. Для объяснения предложенных параметров нужно выбрать справку - "?". Скобочная структура полученного дерева записывается в файл с помощью буквы W. Изображение переукорененного дерева появляется сразу в окне putty. Для выхода из программы нажимается "X".
Переукорененное дерево
```
  ,-----------------------------------------------------------------------1:F
  !
--7                      ,------------------------------------------------2:E
  !                      !
  !                      !                                     ,------------3:D
  `----------------------8                             ,------11
                         !                          ,-10       `------------4:C
                         !                          !  !
                         `--------------------------9  `--------------------5:B
                                                    !
                                                    `---------------------6:A
```
Для визуализации переукорененного дерева использовалась программа fdrawgram. Вид команды:
```
 fdrawgram -style p m_dop.treefile
```
Для опции -style был выбран параметр р, так как требуется изобразить как " филограмму, ориентированную вправо "
Полученное изображение:
Методом максимального правдоподобия (программой fdnamlk) была восстановлена предковая последовательность из мутированных последовательностей.
Вид команды:
fdnamlk -ttratio 1 -hypstate all.fasta , где all.fasta файл с 6 мутированными последовательностями.
Результат:
- файл, содержащий выравнивание предковых и мутированных последовательностей.
из него была выделена отдельно последовательность общего (корневого) предка - pre_gene.fasta
При помощи GeneDok было построеное выравнивание между полученной последовательностью и геном моего белка (- реальной общей последовательности). Процент идентичности составил 41%. Так как в записи предковой последовательности использованы консенсусные обозначения нуклеотидов, то процент идентичности может быть выше. Если сравнивать графики по потере линейности, то можно сделать вывод, метод попарных различий эффективен в случае малого процента замен. Модель Джукса-Кантора применима в большем диапозоне замен.