Infoseq-консольная программа из пакета EMBOSS для поиска информации о белках и сиквенсах.
Синтаксис команды: infoseq [сокращенное название базы данных]:[идентификатор последовательности].
Так, для моего белка PTHP запрос выглядит:infoseq sw:pthp_bacsu, где sw- сокращенное название
базы данных SwissProt, pthp_bacsu - идентификатор последовательности.
С помощью команды infoseq -html sw:pthp_bacsu > [путь к файлу] запишем полную информацию о
последовательности pthp_bacsu в html-файл.
USA(Uniform Sequence Address)- полный адрес последовательности, Database- название базы данных, Name-название последовательности,
Accession number- идентификатор последовательности, type- тип последовательности, length- длина, organism- организм из которого
она была получена, description- краткое описание последовательности.
| USA | Database | Name | Accession | Type | Length | Organism | Description |
|---|
| sw-id:PTHP_BACSU | sw | PTHP_BACSU | P08877 | P | 88 | Bacillus subtilis (strain 168) | Phosphocarrier protein HPr (2.7.11.-) (Histidine-containing protein) |
Запишем в html-файл только 4 колонки, для этого используем infoseq -only -name -accession -length -description -html sw:pthp_bacsu > [путь к файлу]
| Name | Accession | Length | Description |
|---|
| PTHP_BACSU | P08877 | 88 | Phosphocarrier protein HPr (2.7.11.-) (Histidine-containing protein) |
Также с помощью команды infoseq -only -name -html sw:pthp_bacsu > [путь к файлу]
запишем только одну колонку с названием последовательности.
Описание параметров программы Infoseq
| Параметр |
Значение по умолчанию |
Описание |
| -html |
N |
вывод в виде HTML |
| -only |
N |
вывод только указанных позиций |
| -outfile |
stdout |
вывод данных на экран или в файл |
| -columns |
Y |
вывод колонкамиL |
| -help |
|
вывод справки |
| -delimiter |
| |
вывод разделителя |
| -heading |
Y |
вывод заголовков таблицыL |
| -length |
Y |
вывод длины последовательности |
| -description |
Y |
вывод краткого описания последовательности |
| -name |
Y |
вывод названия белка |
| -organism |
Y |
вывод названия организма |
| -ac |
Y |
вывод кода доступа |
© Boskhomdzhieva Baina, 2012