 |
| Рис. 1. Микрофотография Leptothrix cholodnii |
Таксономия
| Домен/Надцарство/Империя | Bacteria |
| Группа | Proteobacteria (Протеобактерия) |
| Отдел/Тип | Betaproteobacteria (Бетта-протеобактерия) |
| Класс | Burkholderiales |
| Порядок | Unclassified Burkholderiales |
| Семейство | Burkholderiales Genera incertae sedis |
| Род | Leptothrix |
| Вид | Leptothrix cholodnii |
| Штамм | Leptothrix cholodnii sp-6 |
Свойства и особенности
Leptothrix cholodnii (см. рис.1) - аэробная грамотрицательная бактерия, клетки которой образуют тонкие нити или цепочки с сегментированными концами и утолщением в центре и окружены оболочкой, где происходит окисление железа (II) и марганца (II). Она встречается в болотах, ручьях, железистых источниках, озерах и других водоемах. Бактерии L.cholodnii, в отличие от других представителей рода, способны сохранять свою оболочку в лабораторных условиях. Именно поэтому в 2008 ее геном был секвенирован. Leptothrix cholodnii может размножаться вегетативно или с образованием зооспор. Оптимальная температура для жизни составляет 10-35 градусов и pH=6,5-7,5.
Состав бактериальной кольцевой молеклы ДНК
| Всего генов | 4443 |
| Гены, кодирующие белки | 4386 |
| Гены, кодирующие личные РНК | 57 |
| Псевдогены | 23 |
| Размер генома | 4909403 |
| Средняя длина кодирующей последовательности | 1035,041 |
| Содержание GC-пар | 68,9% |
Некоторые характеристики протеома
| Ферментативные реакции | 1322 |
| Транспортные реакции | 86 |
| Полипептиды | 4363 |
| Белковые комплексы | 9 |
| Ферменты | 1190 |
| Транспортеры | 150 |
| Низкомолекулярные соединения | 988 |
| Транскрипционные единицы | 2606 |
| тРНК | 50 |
Статья с ресурса PubMed.
Авторы статьи: Fleming EJ,Langdon AE,Martinez-Garcia M,Stepanauskas R,Poulton NJ,Masland ED,Emerson D.
Дата и место публикации: PloS One.2011 Mar 17;6(3):e17769.
Идентификатор статьи (PMID): 21437234
Запрос о статье про полный геном: (Leptothrix cholodnii) AND (full OR complete OR whole) AND genome 2000:2012[dp]
Аннотация статьи
Все новое - хорошо забытое старое: исследование бактерии Leptothrix ochracea с использованием методов
геномики отдельной клетки, пиросеквенирования и флюоресцентной гибридизации.
Leptothix ochracea - типичный обитатель пресных вод и болот, богатых железом. Ее отличительной особенностью является производство оболочки с гидроокисью железа.
Так как L. ochracea тяжело культивировать, ее идентификация основана лишь на ее морфологии и среде обитания. Используя методы флуоресцентной гибридизации, было выяснено,
что гены малой субъединицы рибосомальной РНК L.ochracea и ее ближайшего родственника L.cholodnii на 96% гомологичны.
Это подтверждает, что L.ochracea на самом деле относится к группе морфологически похожих, нитевидных, имеющих оболочку микроорганизмов.
Источники информации:
[1] http://bacmap.wishartlab.com/organisms/668
[2] http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Leptothrix
[3] http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?refseq+NC_010524
[4] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21437234
[5] http://ecocyc.org/organism-summary?object=LCHO395495
© Boskhomdzhieva Baina, 2012