Лиганды в структуре 2FEP
В структуре 2FEP есть 3 лиганда - ионы SO4.В цепи A - 2 иона, в цепи S - 1. Их примерное положение в структуре белка показано на рисунке 1.
 |
Рис. 1Положение лиганда в структуре белка. Атомы лиганда выделены стандартными цветами, белок для наглядности прозрачен. |
Также мною проведены измерения размеров белковой части комплекса и низкомолекулярных лигандов. Для белкового компонента приводятся три измерения: "длина", "ширина", "высота"(см. таб. 1) Для лигандов приведены значения расстояния между наиболее отдаленными атомами в молекуле. Эти данные приведены в таблице 2.
Таб.1
Измерение линейных параметров белкового компонента.
| Единицы измерения | Нанометры (нм) | Ангстремы (10-10) | Метры (система СИ) |
| "Длина" | 7.145 | 71.45 | 7.145*10-9 |
| "Ширина" | 4.657 | 46.57 | 4.657*10-9 |
| "Высота" | 3.693 | 36.93 | 3.693*10-9 |
Таб.2Измерение линейных параметров лигандов. Показано наибольшее расстояние между атомами в молекуле.
| Единицы измерения | Нанометры (нм) | Ангстремы (10-10) | Метры (система СИ) |
| Ионы SO4 | 0.241 | 2.41 | 2.41*10-10 |
Анализ области контакта белка из структуры PDB 2FEP и лиганда SO4
Выбранный лиганд представлен на рисунке из предыдущего раздела стандартным цветом. С SO4 большей частью взаимодействуют аминокислотные остатки Asp276 (A), Phe275(A), Thr278 (A),Asp249 (A)- водородные связи. Изображение, показывающее элементы вторичнойструктуры, включающие контактирующие с лигандом остатки белка и лиганд -рисунок 2, изображение- схема, на котором приведена химическая формула лиганда и схематично показаны водородные взаимодействия, складывающиеся между лигандом и его окружением - рисунок 3.
 |
Рис. 2Элементы вторичной структуры, включающие контактирующие с лигандом остатки белка, сами остатки и лиганд.Подписаны взаимодействующие остатки и атомы, указаны длины связей в ангстремах. Яркая зеленая структура - лиганд SEP |
 |
Рис. 3Схема, на которой приведена химическая формула лиганда и схематично показаны водородные взаимодействия, которые складываются между лигандом и его окружениемВодородные связи обозначены синим цветом |
Ссылка на скрипт изображения 1, 2