MAST и MEME

Поиск мотивов, программы MEME и MAST

На вход программе MEME (ememe в пакете EMBOSS) подала набор невыровненных последовательностей - вероятных гомологов моего белка PTHP_BACSU, просмотрела выдачу программы в формате html (ссылка), для каждого мотива занесла в отчёт число последовательностей в нем, длину мотива, E-value, LOGO.

Мотив	Число последовательностей в нем	Длина мотива	E-value	LOGO
1	25 из 26	50	1.2e-486	img width=100% src="../../images/logo1.png">
2	26 из 26	21	4.4e-104
3	22 из 26	8	8.0E-012

Сравнение белков, найденных МEME, с полным выравниванием, выданным muscle:

Сначала из выдачи программы ememe были получены три файла в FASTA-формате , содержащие участки последовательностей формирующие три мотива. В целом, выравнивания мотивов совпадают, хотя с помощью MEME было выбрано меньше последовательностей.

Результат выравнивания можно увидеть в файле, где найденные блоки сопоставлены с полным выравниванием.

Поиск найденных мотивов в других последовательностях

C помощью программы MAST было проанализировано взятое из Pfam выравнивание домена белка PTHP_BACSU, составленное из 168 последовательностей.Среди этих последовательностей искали 3 мотива. Мотивы нашлись в 167 последовавтельностях,164 из них содержали первый мотив,7 только по 2 мотиву,44 по всем 3 мотивам, 107 по первому и второму мотивам. Исходя из этого, можно сделать вывод, что что выравнивания из Pfam содержат в основном 1 мотив.
Посмотреть результаты выполнения программы можно здесь