PSI-BLAST

PSI-BLAST - вариант BLAST, при котором найденные гомологи можно использовать для следующего раунда поиска путем составления специальных матриц PSSM, что позволяет производить поиск гомологов более специфично для конкретной группы белков.

С помощью функции RANDBETWEEN(1,15) из предложенного списка была выбрана последовательность с ID=Q1AHR3.Для этого белка было составлено семейство гомологов( характеристики результатов PSI_BLAST после каждой иттерации представлены в таблице 1.)

Таблица.1 Протокол итерации PSI-BLAST

Номер иттерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	11	XP_003476407	2e-14	ZP_09360138.1	6.1
2	12	NP_302678	0.005	YP_005335608.1	0.005
3	12	NP_302678	8e-04	XP_003003251	0.041
4	12	NP_302678	0.001	XP_003003251	0.044
5	12	NP_302678	0.001	XP_003003251	0.044

Во второй и последующих итерациях e-value предпоследней находки отличалась на 30 порядков от последней, поэтому исключила последнюю находку( ID=NP_302678) для составления новой итерации.
Заметим, что после третьей итерации результаты поиска не меняются, если не включать NP_302678 в список последовательностей, по которым будет строиться PSSM.
Результат множественного выравнивания представлен на рис.1

all

Рис. 1 Множественное выравнивание, сделанное программой Muscle.