Особенности аминокислотной последовательности белка PTHP_BACSU
На рисунке 1 представлена вторичная структура белка PTHP_BACSU
 |
Рис. 1 |
- В 15-ом аминокислотном остатке белка известен активный центр (Pros-phosphohistidine intermediate), на схеме обозначен черным цветом. ссылка
- Цепь белка, начиная с 2 и заканивая 88 аминокислотным остатком, образует один единый домен HPr(на схеме коричневый цвет) ссылка
- Особенность 46ого аминокислотного остатка(сайт мутагенеза): S->A.Нет фосфорилирования HPrK/P отменяющего эффект катаболитной репрессии глюкозы на глюконат киназе, глюцитол дегидрогеназе и конкретных катаболических ферментов. ссылка
Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к PTHP_BACSU
- 2FEP
- 2HID
- 2HPR
- 1JEM
- 1KKL
- 1KKM
- 3OQM
- 3OQN
- 3OQO
- 1SPH
Таблица встречаемости в SwissProt белков из Firmicutes, имеющих функцию, сходную с функцией белка PTHP_BACSU
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
| Phosphocarrier protein HPr(без ограничения на полноту) | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & (((([swissprot-Comment:Phosphocarrier*] & [swissprot-Comment:protein*]) & [swissprot-Comment:HPr*]) | [swissprot-Comment:Phosphocarrier protein HPr>parent*]) > parent )) | 123 |
| Phosphocarrier protein HPr | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & (([swissprot-Description:Phosphocarrier*] & [swissprot-Description:protein*]) & [swissprot-Description:HPr*])) | 26 |
| Phosphocarrier protein HPr | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((([swissprot-Description:Phosphocarrier*] & [swissprot-Description:protein*]) & [swissprot-Description:HPr*]) ! [swissprot-Description:fragment*])) | 25 |
Полноразмерные последовательности найденных белков в fasta формате
Использовала данный запрос : ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((([swissprot-Description:Phosphocarrier*] & [swissprot-Description:protein*]) & [swissprot-Description:HPr*]) ! [swissprot-Description:fragment*])) Файл с последовательностями 10 гомологов PTHP_BACSU в FASTA формате
Информация
На основе третьего запроса из таблицы были получены записи, в которых кроме аминокислотных последовательностей, были представлены идентификаторы, коды доступа, названия организмов, описания белков и их особенность. ссылка на таблицу с информацией о белках
Изучение страницы с описанием поля "Taxonomy" банка Swissprot
- Названия таксонов, начинающихся на "bacil":
bacillaceae
bacillales
bacillariaceae
bacillariales
bacillariophyceae
bacillariophycidae
bacillariophyta
bacilli
bacillus
- Количество записей, описывающих белки из рода Bacillus - 23105
- Количество записей, описывающих белки из отдела Firmicutes -68204
Записи SwissProt, связанные с научными интересами известного российского(советского) биолога А.А.Нейфаха
- С помощью запроса ([swissprot-Authors:neyfakh,a.a*] > parent ) получили таблицу, включающую описание белка, авторов, название и год публикации. ссылка на таблицу
- А.А.Нейфах занимается поиском и изучением методов борьбы с устойчивостью к антибиотикам,впервые описав мембранный белок Bmr бактерии Bacillus subtillis.
© Boskhomdzhieva Baina, 2012