Программа getorf пакета EMBOSS
С помощью команды 
entret embl:D89965
 получили файл с записью, содержащей последовательность мРНК Rattus norvegicus
Выполнив команду 
getorf d89965.entret -minsize 90 -table 0 -find 1
получили набор всех рамок считывания, где:
-minsize 30 -минимальная длину рамки -90 нуклеотидов
-table 0 -стандартный генетический код
-find 1 -нужный тип поиска( начиная со старт- и заканчивая стоп-кодоном)
В итоге получаем 5 рамок различной длины в транслированном виде.Заметим, что 3 последовательность совпадает с приведенной в записи EMBL для белка.
>D89965_3 [163 - 432] Rattus norvegicus mRNA for RSS, complete cds.
MALMHFQFTFKQFEQRKSIRSTARKARDDFVVVQTADLFHVAFHYGIAQRGLTITSDDHM
AVTAYAYYSCHELTPWLRIQSTNPVQKYGA


FT   CDS             163..435
FT                   /product="RSS"
FT                   /note="Rat Stomach Serotonin receptor-related gene"
FT                   /db_xref="GOA:P0A7B8"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR001353"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR022281"
FT                   /db_xref="PDB:1E94"
FT                   /db_xref="PDB:1G4A"
FT                   /db_xref="PDB:1G4B"
FT                   /db_xref="PDB:1HQY"
FT                   /db_xref="PDB:1HT1"
FT                   /db_xref="PDB:1HT2"
FT                   /db_xref="PDB:1NED"
FT                   /db_xref="PDB:4G4E"
FT                   /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P0A7B8"
FT                   /protein_id="BAA14040.1"
FT                   /translation="MALMHFQFTFKQFEQRKSIRSTARKARDDFVVVQTADLFHVAFHY
FT                   GIAQRGLTITSDDHMAVTAYAYYSCHELTPWLRIQSTNPVQKYGA"
Запись EMBL d89965.entret ссылается на запись P0A7B8 Swiss-Prot. Используя команду 
seqret sw:P0A7B8
получили файл hslv_ecoli.fasta с последовательностью записи Swiss-Prot.
Определили какой рамке соответствует данная последовательность: 
 blastp -query hslv_ecoli.fasta -subject d89965.orf -out hslv.blastp 
Subject= D89965_5 [294 - 1] (REVERSE SENSE) Rattus norvegicus mRNA for RSS,
complete cds.

Length=98


 Score =  200 bits (509),  Expect = 4e-71, Method: Compositional matrix adjust.
 Identities = 98/98 (100%), Positives = 98/98 (100%), Gaps = 0/98 (0%)

Query  28   MKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFELFERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDR  87
            MKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFELFERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDR
Sbjct  1    MKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFELFERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDR  60

Query  88   MLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDLIAIGS  125
            MLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDLIAIGS
Sbjct  61   MLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDLIAIGS  98


>D89965_5 [294 - 1] (REVERSE SENSE) Rattus norvegicus mRNA for RSS, complete cds.
MKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFELFERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDR
MLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDLIAIGS

>HSLV_ECOLI P0A7B8 ATP-dependent protease subunit HslV (3.4.25.2) (Heat shock protein HslV)
MTTIVSVRRNGHVVIAGDGQATLGNTVMKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFEL
FERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDRMLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDL
IAIGSGGPYAQAAARALLENTELSAREIAEKALDIAGDICIYTNHFHTIEELSYKA

Это пятая рамка.
Как можно объяснить наблюдаемую ситуацию?
Возможно, это связано с тем, что исследовали искали белок в желудке крысы с определенными параметрами. После того, как они заметили активность белка со свойствами, похожими на свойства искомого,ученые выделили и секвенировали мРНК.Однако до этого,последовательность подобного белка уже была известна и хранилась в Swiss-Prot(принадлежала бактерии E.coli). Тем самым получается, что белок, полученный из желудка крысы на самом деле принадлежал космополиту E.coli, а значит авторы проаннотировали найденный белок неверно.

Файлы-списки
Командой seqret sw:adh*_*получила все последовательности алкогольдегидрогеназ из Swiss-prot.
Далее командой infoseq adh2_soltu.fasta -only -usa >listfile.txt был получен файл с универсальными адресами USA этих последовательностей.
Из этого списка-файла был получен другой, меньший, с адресами последовательностей, взятых из группы организмов( файл list.txt)
grep -f list.txt listfile.txt >listfile2.txt
На основе нового файла-списка (listfile2.txt) был получен fasta-файл listfile.fasta с последовательностями дегидрогеназ организмов
seqret @listfile2.txt listfile.fasta

EnsEMBL
EnsEMBL- геномный браузер, позволяющий визуализировать информацию о геномах человека и животных.
  • Прямой поиск выдал страницу с основной информацией о гене ( расположение, координаты, варианты сплайсинга, структура, длина и т.д). На рисунках 1, 2 представлена подробная карта региона, где расположен ген.
    ert
    Рис. 1 Расположение участка с искомым геномом в 5 хромосоме
    ert
    Рис. 2 Схема расположения экзонов и интронов в гене по таким данным, как GENCODE, RefSeq/ENA, CCDS set (проект по выявлению кодирующих участков генома)

  • Также со странички гена можно скачивать информацию о нем (для этого необходимо перейти по ссылке Export data)
  • Нуклеотидная последовательность данного гена была подана на BLAT по геному человека.В результате получили картинку кариотипа с отмеченными на хромосомах локусами и иллюстрацию глобального выравнивания хитов против запроса.
    ert
    Рис. 3 Выравнивание хитов против запроса
    ert
    Рис. 4Расположение хитов на кариотипе человека

  • Если перейти по ссылке ContigView ( [C]- левый столбец в списке хитов), то мы попадем на страницу с иллюстрациями расположения данного хита ( вся хромосома, конкретная область и конкретный ген), щелкнув на [A] получим выравнивание хита с запросом, а щелчок на значок [G] позволит увидеть последовательность хита. Заметим, что все картинки интерактивные,т.о можно приближать, отдалять,а также посмотреть процент GT интересующей нас области.
  • На рисунке 5 представлено изображение детального описания участка генома в области гена. В нем указана разметка ДНК в мегабазах, контиги и закодированные гены. Псевдогены выделены серым цветом, РНК гены- фиолетовые,синим- транскрипт, а участки Merged Ensembl/ Havana - желтым.
    ert
    Рис. 3 Детальное описание гена

    © Boskhomdzhieva Baina, 2012