Банк RefSeq.Поисковая система SRS

Список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae: 

REFSEQ_DNA:NC_001133	NC_001133	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 	230218	
REFSEQ_DNA:NC_001134	NC_001134	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 	813184	
REFSEQ_DNA:NC_001135	NC_001135	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 	316620	
REFSEQ_DNA:NC_001136	NC_001136	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 	1531933	
REFSEQ_DNA:NC_001137	NC_001137	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 	576874	
REFSEQ_DNA:NC_001138	NC_001138	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 	270161	
REFSEQ_DNA:NC_001139	NC_001139	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 	1090940	
REFSEQ_DNA:NC_001140	NC_001140	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 	562643	
REFSEQ_DNA:NC_001141	NC_001141	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 	439888	
REFSEQ_DNA:NC_001142	NC_001142	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 	745751	
REFSEQ_DNA:NC_001143	NC_001143	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 	666816	
REFSEQ_DNA:NC_001144	NC_001144	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 	1078177	
REFSEQ_DNA:NC_001145	NC_001145	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 	924431	
REFSEQ_DNA:NC_001146	NC_001146	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 	784333	
REFSEQ_DNA:NC_001147	NC_001147	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 	1091291	
REFSEQ_DNA:NC_001148	NC_001148	Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 	948066
Информация о хромосоме IX: 
  •  Accession: NC_001141
    • 

  • Длина: 439888
    • 

  • Количество генов: 232
    • 

  • Количество генов тРНК: 10 
    •

    Некоторые типы генов: 
  •  ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов
    • 
gene= VTH1
Gene ID: 854634
CDS: 11492..16141

  •  ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов
    • 
gene= IMA3
Gene ID: 854635
CDS: complement(16784..18553)

  •  ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон
    • 
gene= RPL40A
Gene ID: 854658
CDS: join(68708..68715,69150..69528)

  •  ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон
gene= RPL16A
Gene ID: 854673
CDS: join(98527..99095,99386..99416)

    • Получение последовательности, кодирующей белок PTHP_BACSU
  • При помощи команды entret sw: pthp_bacsu получили AC белка в EMBL
    AC EMBL: X12832
  • При помощи поисковой программы SRS определяем границы гена и ориентацию на цепи
    CDS: 1118..1384
  • При помощи программы seqret -sask вырезаем нужный фрагмент последовательности ДНК из файла 
    X12832

    • >X12832 X12832.1 Bacillus subtilis ptsX, ptsH and ptsI genes for enzyme III-glucose (EC 2.7.1.69), Hpr protein and enzyme I 
(EC 2.7.3.9) of PEP:sugar phosphtransferase system
atggcacaaaaaacatttaaagtaactgcagattctggaatccatgctcgtcctgcgaca
gttcttgtacaaactgctagcaaatacgacgctgacgttaatttagaatataacggcaaa
acagttaaccttaaatctattatgggtgttatgtctttaggtatcgctaaaggcgctgag
atcacaatctctgcttccggagctgacgaaaacgatgctcttaacgctttagaagaaaca
atgaaaagcgaaggactcggcgagtaa
    Выравнивание белков и их генов
    Для белка pthp_bacsu и его гомолога pthp_bacme провели выравнивание последовательностей белков программой needle: 
    PTHP_BACSU         1 MAQKTFKVTADSGIHARPATVLVQTASKYDADVNLEYNGKTVNLKSIMGV     50
                     ||||||.|||||||||||||.|||.|||:|:|:|||:|||||||||||||
PTHP_BACME         1 MAQKTFTVTADSGIHARPATTLVQAASKFDSDINLEFNGKTVNLKSIMGV     50

PTHP_BACSU        51 MSLGIAKGAEITISASGADENDALNALEETMKSEGLGE     88
                     |||||.|||.|||||.|:||.|||.|||:||..|||||
PTHP_BACME        51 MSLGIQKGATITISAEGSDEADALAALEDTMSKEGLGE     88
    Последовательность гена-гомолога pthp_bacme: 
    >AJ005075 AJ005075.1 Bacillus megaterium ptsH and ptsI genes, complete CDSs
atggcacaaaaaacatttacagtaacagcagactcaggaattcacgcacgtccagcaaca
actttagtacaagcagcaagcaaatttgattctgatatcaacttagaattcaacggtaaa
actgtaaacttaaaatcaatcatgggcgttatgtctttaggtattcaaaaaggcgctaca
atcactatctctgcagaaggttctgacgaagcagatgcacttgctgctcttgaagataca
atgagcaaagaaggattaggcgaataa
    Выравненные последовательности генов-гомоголов программой needle: 
    X12832             1 atggcacaaaaaacatttaaagtaactgcagattctggaatccatgctcg     50
                     |||||||||||||||||||.||||||.|||||.||.|||||.||.||.||
AJ005075           1 atggcacaaaaaacatttacagtaacagcagactcaggaattcacgcacg     50

X12832            51 tcctgcgacagttcttgtacaaactgctagcaaatacgacgctgacgtta    100
                     |||.||.|||..|.|.||||||.|.||.|||||||..||..||||..|.|
AJ005075          51 tccagcaacaactttagtacaagcagcaagcaaatttgattctgatatca    100

X12832           101 atttagaatataacggcaaaacagttaaccttaaatctattatgggtgtt    150
                     |.|||||||..|||||.|||||.||.|||.|.|||||.||.|||||.|||
AJ005075         101 acttagaattcaacggtaaaactgtaaacttaaaatcaatcatgggcgtt    150

X12832           151 atgtctttaggtatcgctaaaggcgctgagatcacaatctctgcttccgg    200
                     ||||||||||||||....|||||||||...|||||.||||||||....||
AJ005075         151 atgtctttaggtattcaaaaaggcgctacaatcactatctctgcagaagg    200

X12832           201 agctgacgaaaacgatgctcttaacgctttagaagaaacaatga--aaag    248
                     ..||||||||...|||||.|||...|||.|.|||||.|||||||  ||| 
AJ005075         201 ttctgacgaagcagatgcacttgctgctcttgaagatacaatgagcaaa-    249

X12832           249 cgaaggactcggcgag---    264
                      ||||||.|.|||||.   
AJ005075         250 -gaaggattaggcgaataa    267
    Выравнивненные программой tranalign последовательности: 
    >X12832 Bacillus subtilis ptsX, ptsH and ptsI genes for enzyme III-glucose (EC 2.7.1.69), Hpr protein and enzyme I (EC 2.7.3.9) of PEP:sugar phosphtransferase system
atggcacaaaaaacatttaaagtaactgcagattctggaatccatgctcgtcctgcgaca
gttcttgtacaaactgctagcaaatacgacgctgacgttaatttagaatataacggcaaa
acagttaaccttaaatctattatgggtgttatgtctttaggtatcgctaaaggcgctgag
atcacaatctctgcttccggagctgacgaaaacgatgctcttaacgctttagaagaaaca
atgaaaagcgaaggactcggcgag
>AJ005075 Bacillus megaterium ptsH and ptsI genes, complete CDSs
atggcacaaaaaacatttacagtaacagcagactcaggaattcacgcacgtccagcaaca
actttagtacaagcagcaagcaaatttgattctgatatcaacttagaattcaacggtaaa
actgtaaacttaaaatcaatcatgggcgttatgtctttaggtattcaaaaaggcgctaca
atcactatctctgcagaaggttctgacgaagcagatgcacttgctgctcttgaagataca
atgagcaaagaaggattaggcgaa

    Выводы: Сравним выравнивания, полученные для генов с использованием двух разных программ. Заметим, что в needle высокое identity, возможно это связано с тем, что алфавит ДНК состоит из 4-х букв, а аминокислот из 20,поэтому лучше выравнивать белковые последовательности. Программа tranalign позволяет выравнивать гены на основе белковых выравниваний.
    Поиск в нуклеотидном банке NCBI по имени гена
    В качестве примера для запроса в NCBI выбрала ген дрожжей RPL16A.Заметим, что:
  • Найдено всего 90 результатов по данному запросу
  • Найдены записи, содержащие ген из Saccharomyces cerevisiae, Aspergillus nidulans, Arabidopsis thaliana, Candida orthopsilosis и других дрожжей, и в них содержится информация о полных геномах, mRNA, генах.
    © Boskhomdzhieva Baina, 2012