Алгоритмы реконструкции деревьев. Укоренение и бутстреп

Укоренение в среднюю точку

В предыдущем задании методом neighbor-joining было построено 2 дерева. Укореним в среднюю точку одно из деревьев, то есть найдем на дереве самый длинный путь от листа к листу и за корень примем часть пути. Но т.к программа MEGA отказывается переукоренять деревья, построенные программой JalView, воспользуемся программой retree пакета PHYLIP.
Ниже представлены реконструтрованное дерево, полученное с помощью программы JalView методом Neighbour Joining Using % Identity, и укорененное в среднюю точку

Рис.1 Дерево, полученное с помощью программы JalView методом Neighbour Joining Using % Identity

Рис.2 Дерево, укорененное в среднюю точку

Заметим, что они аналогичны друг другу.Из этого,можно сделать вывод о том, что дерево, полученное с помощью программы JalView методом Neighbour Joining Using % Identity было укоренено в среднюю точку.
Использование внешней группы

Поскольку деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить, воспользуемся укоренением с помощью внешней группы.Для этого реконструируем методом максимальной экономии укорененное дерево отобранных бактерий, используя в качестве внешней группы белок PTH_ECOLI.
Полученные результаты предствлены на рисунке 3.
Укоренение как и в предыдущем задании произошло в ту же самую ветвь. У полученного дерева 2 общие ветви с деревом, полученным укоренением в среднюю точку:
{BACSU,GEOKA}vs{ENTFA,STRP1,LISMO,CLOB1,LACDA}, {ENTFA,STRP1}vs{BACSU,GEOKA,LISMO,CLOB1,LACDA}

Рис.3 Дерево, построенное с использованием внешней группы

Бутстрэп
Бустреп-анализ филогении белков был проведен с использованием одного из методов, доступных в MEGA. Для этого в окошке, которое открывается после вызова программы, в меню "Test of Phylogeny" выбрали "Bootstrap method" и указали число реплик, равное 100. Как видно, деревья названные Original и Bootstrap consensus tree, совпадают. Эти деревья имеют три общие нетривиальные ветви с правильным деревом:{BACSU,GEOKA}vs{ENTFA,STRP1,LISMO,CLOB1,LACDA},{BACSU,GEOKA,LISMO}vs{ENTFA,STRP1,CLOB1,LACDA},{ENTFA,STRP1}vs{BACSU,GEOKA,LISMO,ENTFA,STRP1,CLOB1,LACDA}.Заметим, что правильные ветви имеют большую поддержку, в отличие от неправильных.

Рис.4 Original tree

Рис.5 Bootstrap consensus tree