Cбор информации о своем ферменте

ES-код моего фермента PHLP1_HUMAN - EC=3.1.3.16, о чем свидетельствует запись в Swiss-Prot. Расшифровать ES-код и узнать об активности фермента можно с помощью сайта IUBMB Enzyme Nomenclature. На соответствуйщей странице указана информация о ферменте PHLP1_HUMAN.
Расшифровка EC-кода для фермента PHLP1_HUMAN

Ранг классификации Цифра Описание Описание (оригинал)
Класс 3 Гидролазы(гидролизуют ковалентные связи) Hydrolase
Подкласс 1 Действующий на сложноэфирные связи Acting on Ester Bonds
Подподкласс 3 Фосфорные моноэфирные гидролазы Phosphoric Monoester Hydrolases
Порядковый номер 16 белковая-серин/треонин фосфотаза protein-serine/threonine phosphatase

Фермент PHLP1_HUMAN катализирует следующую реакцию:
[a protein]-serine/threonine phosphate + H2O = [a protein]-serine/threonine + phosphate

ert
Рис.1 Катализируемая реакция
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

С помощью SRS выяснили, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по ES, сколько - с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с ферментом 3 уровня классификации и сколько - все 4. Результаты представлены в таблице 1.

Общий уровень классификации Шаблон поиска по полю EC Число белков человека
Класс 3.*.*.* 1933
Подкласс 3.1.*.* 681
Подподкласс 3.1.3.* 235
Порядковый номер 3.1.3.16 76

Таблица 1. Число ферментов человека с близкими функциями


Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

  • C помощью UniProt получили список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс классификации ES совпадает с моим ферментом O60346. Полученный результат в Fasta-формате и текстовый файл. Всего было найдно 1719 белков, из них 533 совпадает по подклассу, 218 по подподклассу и вся классификация совпадает у 69.
  • Пользуясь программой blastp, нашли среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходные по последовательности с моим ферментом. При этом порог по e-value установили значение 1.
    segret sw:phlp1_human
    makeblastdb -in uniprot.fasta -out db -dbtype prot
    blastp -query phlp1_human.fasta -db db -out blast.out -evalue 1

    Получили файл с выравниванием blast.out,cодержащий 17 находок, но достоверным можно считать только один белок PHLP1_MOUSE, у которого e-value=0.0, а также значение Identities составляет 86%.ES-код у белков одинаковый.

    © Boskhomdzhieva Baina, 2014