Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)

Определение метаболических путей, в которых участвует фермент O60346

В документе Swiss-Prot с описанием белка нашли идентификатор гена в KEGG (hsa: 23239)
В открывшемся документе KEGG нашли метаболические пути("Pathways"), ассоциированные с геном.
В результате получили только один метаболический путь:hsa04151 PI3K-Akt signaling pathway(сигнальный путь, центральными компонентами которого являются ферменты фосфоинозитид-3-киназа (PI3K), киназы AKT).Изображение приведено на рис.1.

Рис.1 PI3K-Akt сигнальный путь

Поиск в KEGG структурных формул заданных соединений
Выбрали 2 химичеких соединения L-галактозу (L-galactose) и L-аскорбат(L-ascorbate). Далее провели поиск каждого вещества по базе лигандов. Cтруктурные формулы для L-галактозы(C01825) и L-аскорбата(С00072) приведены на рисунках 2 и 3.


Рис.2 L-галактоза	Рис.3 L-аскорбат

Поиск метаболического пути от одного заданного вещества к другому

С главной страницы KEGG прошли по гиперссылке "KEGG PATHWAY">"Search&Color Pathway", в поле запроса ввели идентификаторы C01825 и C00072,раскрасили данные соединения красным и синим цветом соответственно.Из списка карт выбрали Ascorbate and aldarate metabolism (метаболизм аскорбата и альдозы).
Путь: L- галактоза->L-Galactono-1,4-lactone->L-аскорбат (рис. 4)

Рис.4 Ascorbate and aldarate metabolism

Заметим, что идентификатор промежуточного соединения L-Galactono-1,4-lactone -С01115 и отметим его желтым цветом. Результат показан на рис.5.

Рис.5 Ascorbate and aldarate metabolism

Мнение о KEGG
KEGG - коллекция онлайн баз данных, касающихся геномов, ферментативных путей и биологических веществ. Она позволяет найти множество информации о метаболитах, организмах,клеточных процессах, найти отдельные карты заболеваний, а также содержит ссылки на статьи в PubMed. Интерфейс очень прост в использовании, полон ссылок на различные инструменты и выглядит по сравнению с другими биоинформатическими сервисами совсем неплохо.