Структура гистидин-содержащего белка-переносчика фосфора в системе фосфотрансферазы
Bacillus subtilis (PDB ID
2FEP
, разрешение
2.45
ангстрем) была выбрана для дальнейшего анализа, также проверено, что структура удовлетворяет следующим требованиям:
Сервис
EDS (Electron Density Server) содержит информацию о выбранной структуре, что означает наличие в PDB не только модели структуры, а также экспериментальных данных-
файлструктурных факторов.
Из базы данных PDB были загружены
модель структуры,
файл mmCIF (macromolecular Crystallographic Information File)
2FEP
и
файл структурных факторов.
Файл Excel.
Ниже представлен фрагмент файла:
loop_
_refln.crystal_id
_refln.wavelength_id
_refln.scale_group_code
_refln.index_h
_refln.index_k
_refln.index_l
_refln.status
_refln.F_meas_au
_refln.F_meas_sigma_au
1 1 1 0 0 48 o 672.90 16.27
1 1 1 0 0 52 o 596.90 16.62
1 1 1 0 0 56 f 128.50 53.02
1 1 1 0 0 60 o 57.30 39.47
Три колонки refln.index_h, refln.index_k, refln.index_l соответственно обозначают целые числа h, k, l.
refln.F_meas_au – F - среднее значение измерений структурного фактора.
refln.F_meas_sigma_au – F_sigma - среднеквадратическое отклонение от среднего.
refln.status обозначает использован ли структурный фактор для оптимизации модели.
В файле содержится информация о всех структурных факторах, измеренных в ходе эксперимента. Данные о них начинаются со строки loop, в столбец идут названия колонок.
Присутствуют следующие данные для каждого отражения ( h, k, l- индексы рефлекса)
В файле содержится 14959 структурных факторов, а для оптимизации модели использовалось 13930.
Все структурные факторы были измерены
Также представлены следующие категории:
audit_group – информация об авторе, дате создания и обновлениях;
cell_group – описание элементарной ячейки;
diffrn_group – детали диффракционного эксперимента;
entry_group – информация о записи;
exptl_group – содержит детали об условиях эксперимента;
refln_group – описание деталей измерения рефлексий;
symmetry_group – информация о симметриях
© Boskhomdzhieva Baina, 2015