Практикум 5

Нековалентные взаимодействия в белке.

PDB ID — 1ML4.

H_bond_main_chain
Водородные связи между атомами остова в α-спирали. Видно, что три связи, которые на рисунке ниже, образуют «нормальную» α-спираль (четыре аминокислотных остатка на виток), а выше спираль «сбивается», и водородные связи образуются с периодом в три остатака
H_bond_side_chain
Водородная связь между боковыми радикалами треонина (80 остаток) и лизина (85)
Ionic bond
Солевой мостик между остатками аргинина (6) и аспартата (18)
Cysteine
Дисульфидных мостиков в белке нет: в нем один цистеин
Stacking
T-стэкинг между радикалами фенилаланина (52 и 76)