#!/bin/env bash
efetch -db 'pubmed' -id ${1} -format 'abstract' > abstract_pmid${1}.txt
elink -db 'protein' -id "$(cat ${2} | tr '\n' ',')" -target 'nuccore' | efetch -format 'acc' | sort


## 1
# Создает два fasta-файла с последовательностями из файла DPO3A.fasta из девятого прака прошлого семестра.
# (Выравнивание альфа-субединиц ДНК-полимеразы III E. coli и B. subtilis).
seqretsplit ../../term2/pr9/DPO3A.fasta -filter

## 2
# Печатает в stdout обратную комплементарную последовательность первых 100 нуклеотидов 
# из файла CP005973.gb (хромосома бактерии, по которой я писал мини-обзор в первом семестре,
# Photobacterium gaetbulicola).
seqret gb::CP005973.gb[1:100:r] -filter

## 3
# Транслирует последовательности из файла first_10_CDS.fasta (10 CDS на хромосоме из пред. упражнения).
transeq first_10_cds.fasta -frame F -table 11 -filter

## 4
# Ищет ORF в первых 10000 нуклеотидов этой хромосомы.
getorf first_10k.fasta -minsize 300 -table 11 -find 1 -filter

## 5
# Печатает в stdout выравнивание полимераз из первого упр.
seqret ../../term2/pr9/DPO3A.fasta msf::stdout -filter

## 6
# Число совпадающих букв между второй последовательностью и остальными в выравнивании 
# альфа-субъединиц ДНК-полимеразы III рода Photobacterium. Вторая последовательность тоже есть
# в выводе, для нее выводимое число совпадает с длиной последователоьности.
infoalign pol3a_aligned.fasta -refseq 2 -filter | tail -n +2 | cut -f 2,7

## 7
# Печатает в stdout аннотацию хрмосомы в формате gff.
featcopy CP005973.gb gff::stdout -filter

## 8
# Сохзраняет в файл cp005973.fasta CDS c хромосомы.
extractfeat CP005973.gb cp005973.fasta -type CDS -filter

## 10
# Три случайных нуклеотидных последовательности длиной 300.
makenucseq ncbi::random.ncbi -amount 3 -length 300 -filter

## 11
# Частоты кодонов во всех CDS с хромосомы
compseq cp005973.fasta -word 3 -frame 1 -filter

## 12
# Делает выравнивание нуклеотидных последовательностей генов полимераз 
# E. coli и B. subtilis из первого упр. Оказалось, что белковые последовательности этих генов
# из Uniprot, которые я использую, не содержат первые несколько аминокислот, закодированных в 
# соотв. генах, поэтому выравнялись только их "кодирующие" части.
tranalign dpo3a_nucl.fasta ../../term2/pr9/DPO3A.fasta -table 11 -filter


#!/bin/env bash
echo 'TaxID,Ранг таксона,Научное название'
epost -db taxonomy -id "$(cat /dev/stdin | tr '\n' ',')" | efilter -query 'Bacteria[TXDV]' | efetch -mode 'xml' | xtract -pattern 'Taxon' -element 'TaxId,Rank,ScientificName' | sort -k 1 -n | tr '\t' ','