Практикум 1

Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Название Мнемоника
Aromatoleum aromaticum AROAE
Bartonella henselae BARHE
Paracoccus denitrificans PARDP
Polynucleobacter asymbioticus POLAQ
Roseobacter denitrificans ROSDO
Saccharophagus degradans SACD2
Shewanella denitrificans SHEDO
Yersinia pestis YERPE

Скобочная формула дерева

(((PARDP, ROSDO), BARHE), ((APOAE, POLAQ), ((SHEDO, YERPE), SACD2)));

Изображение дерева

tree

Ветви дерева

Дерево содержит пять нетривиальных ветвей:

  1. {PARDP, ROSDO} vs. {BARHE, POLAQ, AROAE, SACD2, YERPE, SHEDO}
  2. {PARDP, ROSDO, BARHE} vs. {POLAQ, AROAE, SACD2, YERPE, SHEDO}
  3. {PARDP, ROSDO, BARHE, SACD2, YERPE, SHEDO} vs. {POLAQ, AROAE}
  4. {PARDP, ROSDO, BARHE, POLAQ, APOAE} vs. {SACD2, YERPE, SHEDO}
  5. {PARDP, ROSDO, BARHE, POLAQ, APOAE, SACD2} vs. {YERPE, SHEDO}

Практикум 2

Задание 1

Вот файл с lineage выбранных бактерий. Соответсвенно, дерево для этих бактерий на основании NCBI Taxonomy будет выглядеть так:

lineage

Соответсвие между ветвями и таксонами получается таким:
{PARDP, ROSDO, BARHE} — Alphaproteobacteria vs. {POLAQ, AROAE, SACD2, YERPE, SHEDO}
{PARDP, ROSDO} — Rhodobacterales vs. {BARHE, POLAQ, AROAE, SACD2, YERPE, SHEDO}
{PARDP, ROSDO, BARHE, SACD2, YERPE, SHEDO} vs. {POLAQ, AROAE} — Betaproteobacteria
{PARDP, ROSDO, BARHE, POLAQ, APOAE} vs. {SACD2, YERPE, SHEDO} — Gammaproteobacteria

Для ветвей, разделяющих {бета- и гамма-} и {альфапротеобактерий}; {YERPE и SHEDO} и {остальных}, в NCBI Taxonomy нет таксонов с названием.