Практикум 10
Задание 3
PSI-BLAST
AC выбранного мной белка — Q67XL4. Это хлоропластный РНК-связывающий белок Arabidopsis thaliana. Содержит домен, связанный с участием в сплайсинге. Результаты итераций PSI-BLAST приведены в табл. 1. Как видно, результат сошелся на четвертой итерации. В выдаче содержится несколько ассоциированных с рибосомами бактериальных белков, в т.ч. YhbY E. coli, и растительные (хлоропластные) белки, ответственные за сплайсинг. Известно, что они гомологичны (YhbY-like superfamily, InterPro).
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 18 | Q9FFU1 | 0,004 | Q9SL79 | 0,012 |
| 2 | 23 | P54454 | 0,0002 | Находок ниже порога нет | — |
| 3 | 25 | Q58068 | 2×10−6 | Находок ниже порога нет | — |
| 4 | 25 | Q58068 | 7×10−17 | Q898C7 | 0,007 |