Семейства белковых доменов. PFAM

Описание семейства домена YbeY

YbeY — это семейство металлозависимых одноцепочечных эндорибонуклеаз, которые контролируют качество зрелых 70S рибосом и участвуют в созревании 3'-конца 16S рРНК. Вместе с РНКазой R они селективно разрушают дефектные 70S рибосомы. Белки также обрабатывают 5'- и 3'-концы 16S рРНК, а также 5'-концы 23S и 5S рРНК.
Структура белков (на примере Aquifex aeolicus(см рис1)) включает центральную α-спираль, окружённую четырехцепочечным β-слоем и четырьмя дополнительными α-спиралями.
Лигандом эндорибонуклеаз являются ионы цинка, которые хелатируются гистидинами.
Информация о семействе — см таблица1.

Структура YbeY

Рис 1. Структура белков семейства YbeY на примере Aquifex aeolicus.
Таблица 1. Информация о семействе.
Информация
AC pfam PF02130
ID pfam YbeY
#SEED 180
#All ~44000
#SW 711
#architectures 81
#3D 5
Taxonomy
#eukaryota 2110
#archaea 16
#bacteria 41867

Карта локального сходства

Таблица2. Информация о сравниваемых доменных архитектурах.
Информация Комментарии
доменная архитектура 1 PF02130 - PF08282 664 белка
Белок с архитектурой 1 Q8L5Z4
доменная архитектура 2 PF02130 - PF08282 - PF02130 - PF08282 1 белок
Белок с архитектурой 2 A0A4Y1QTT8
Архитектура Q8L5Z4

Рис 2. Архитектура Q8L5Z4.


Архитектура A0A4Y1QTT8

Рис 3. Архитектура A0A4Y1QTT8.

По карте локального сходства (рис4) очень хорошо видно полную дупликацию (один белок — удвоенная архитектура другого). Это подтверждается информацией о доменных архитектурах (таблица2, рис3, рис4).

dot_plot

Рис 4. Карта локального сходства Q8L5Z4 и A0A4Y1QTT8.