Рис 1. Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка.
Рис 2. Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот.
С использованием Pymol рассмотрим взаимодействия в структуре белка 3HZB подробнее.
Водородные связи могут быть между атомами остова белка (рис 1) и между атомами боковых радикалов аминокислот (рис 2).
Солевой мостик - ионное взаимодействие между положительно и отрицательно заряженными боковыми цепями аминокислот.
На рис 3 изображен пример такого взаимодействия в белке 3HZB.
Дисульфидные связи - ковалентные связи между атомами серы двух остатков цистеина (–S–S–). На рис 4 проиллюстрирован такой тип взаимодействия в рассматриваемом белке.
В белке были найдены только Т-стекинг взаимодействия (рис 5).
