При исследовании Klebsiella quasipneumoniae в рамках миниобзора была обнаружена интересная особенность, связанная с металло-бета-лактамазами, вызывающими резистентность к антибиотикам.
Поэтому при выборе белка был использован запрос: (organism_id:1463165) AND (keyword:KW-0046), где "1463165" — ID рассматриваемой бактерии, a "KW-0046" - ключевое слово для антибиотикорезистентности.
Далее выбрала бета-лактамазу, у которой нет предупреждения о недостоверности данных.
Название: Бета-лактамаза
Функция: Белок относится к бета-лактамазам класса А и катализирует реакцию расщепления бета-лактамного кольца(рис1). Бета-лактамное кольцо является основным компонентом целого класса антибиотиков, поэтому такая реакция приводит к инактивации препарата, что приводит к антибиотикорезистентности.
Ген: CTX-M — часть семейства генов, кодирующих бета-лактамазы расширенного спектра. Структурное строение рассматриваемого белка изображено на рис1.
Также в записи пристуствует пометка о фрагментарности белка, что вероятно связано с неполноценными данными секвенирования.
(reviewed:true) AND (taxonomy_id:570) AND Beta-lactamase - 35 результатов.
Этим запросом я посмотрела сколько есть подтвержденных бета-лактамаз у родственников моей бактерии (рассматривала таксон Klebsiella)
NOT (protein_name:fragment) AND (gene:CTX-M) - 253 результата.
В ходе выполнения практикума, оказалось, что рассматриваемая запись — фрагмент белка. Поэтому был придуман запрос, который показывает сколько существует записей бета-лактамаз расширенного спектра(ген CTX-M) не фрагментов.
(protein_name:"beta-lactamase inhibitor") NOT (protein_name:fragment) AND (taxonomy_id:7711) - 4 результата.
Данный запрос ищет сколько записей ингибиторов бета-лактамаз, не фрагментов, есть в типе Хордовых. Получились достаточно любопытные результаты, которым я не могу найти объяснение. В результате поиска были обнаружены белки из 4х совершенно разных организмов: