Рис 1. Цитозин в Z-ДНК.
С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены ДНК дуплексы разных форм:
Я рассмотрела структуру цитозина в Z-форме ДНК (рис 1).
В сторону большой бороздки обращены атомы C4, C5, C6, N4 - на рис 2 красным цветом.
В сторону малой бороздки обращены атомы C2, O2 - на рис 2 синим цветом.
Изучим структуры из задания 1 (таблица 1).
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.0 | 33.8 | 37.8 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 17.0 (A/DG`9/P - B/DT`35/P) | 17.2 (A/DA`6/P - B/DC`32/P) | 18.6 (A/DG`7/P - B/DC`32/P) |
| Ширина малой бороздки | 8.0 (A/DG`9/P - B/DA`26/P) | 11.7 (A/DG`13/P - B/DC`32/P) | 7.2 (A/DG`11/P - B/DG`33/P) |
Проанализируем структуру тРНК 1FFY.pdb с помощью программ пакета 3DNA.
Код:
! remediator --old ''1FFY.pdb'' > ''1FFY_old.pdb
find_pair -t 1FFY_old.pdb stdout | analyze
Был получен ряд файлов, где в файле 1FFY_old.out находится нужная нам информация.
Координаты стеблей тРНК (рис 3):
На рис 3 так же можно найти неканонические пары оснований в структуре тРНК:
Водородные связи, не участвующие в образовании стеблей, есть дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру (рис 3):