Визуализация молекулы в JMol

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-O-C (°)
α -Cпирали
N(652GLY)- O(648MET)	3.58	148.8
N(870ASN)- O(866SER)	3.16	117.8
N(805GLY)- O(801GLN)	2.94	153.8
N(802VAL)- O(798PHE)	2.94	159.5
β -Тяжи
N(606LYS)- O(628MET)	2.92	170.9
N(627LYS)- O(672ILE)	2.83	153.9
N(673ILE)- O(662GLY)	2.85	148.0

Вывод

Средние длины водородных связей: в альфа-спиралях - 3.16Å и в бета-тяжах - 2.87Å. Результаты близки к теоретическим, а именно - длина связи близка к 3Å. Средний угол N-O-C в альфа-спиралях - 145.0°, а в бета-тяжах - 157.6°. Углы почти плоские, но их средние значения отличаются. Это объяснимо тем, что для образования плоской структуры нужен больший угол.

Ресурсы

Банк данных RCSB - 5GRN

Ссылка на скрипт

Вернуться на главную