Матрицы аминокислотных замен. Карта локального сходства.

1. Карта локального сходства двух полипротеинов

Для выполнения задания использовалась информация о полипротеинах вирусов Poliovirus type 1 (strain Sabin) (AC P03301) и Foot-and-mouth disease virus (strain A10-61) (AC P03307).

Карта локального сходства P03301.3 и P03307.2

Характеристики двух лучших выравниваний

Align	Score (bits)	Identity, %	Similarity, %	Gaps	Length from P03301.3	Length from P03307.2
1	652 (255)	29%	49%	63	615	644
2	400 (158)	37%	51%	26	235	222

Белками, которые попали в первое выравнивание у вируса полиомелита оказались Protease 3C (1566-1747) , Protein 3CD (1566-2209) и RNA-directed RNA polymerase (1748-2209); у ящура - Picornain 3C (1650-1862) и RNA-directed RNA polymerase 3D-POL (1863-2332). Во второе выравнивание у обоих вирусов попал белок 2C, координаты 1128-1456 и 1108-1425 у полиомелита и ящура соответственно.

2. Сравнение веса выравнивания со случайным

Type	IDs	Score	Median	Upper quartile	Score in bits	Probability
Homologous	RECA_ECOLI and RECA_BACSU	1075,5	59.5	65.5	170.3	7.68E-52
Nonhomologous	GLCC_ECOLI and UXUA_BACSU	33,0	35.75	39.0	0.15	2.99E+1

3. BLAST: поиск гомологов в банке

Поиск произвдился программой BLAST для белка hypothetical protein ACH33_03525 (ID: AMA72001.1) из организма Aneurinibacillus sp. XH2. Было найдено 100 белков, из них были выбраны лучшие выравнивания.

Данные о белках.

	ID	AC	Organism
1	A0A1G8D9W8_ANETH	A0A1G8D9W8	Aneurinibacillus thermoaerophilus
2	A0A0K2W952_ANEMI	A0A0K2W952	Bacillus migulanus

Результаты выравниваний.

	Identity, %	Positives, %	Length	Gaps	Score (bits)	Expect	Coverage, %
1	100%	100%	502	0	1011 (2613)	0.0	100%
2	83%	90%	531	0	827 (2136)	0.0	83%