Отличия в множественных выравниваниях
Для выравниваний были взяты белки KCY_ECOLI и KCY_BACSU, а для множественных выравниваний был взят еще KCY_HUMAN. Сначала были проведены множественные
выравнивания этих трех белков в трех программах: muscle, MAFFT и ClustalW. После обработки результатов в JalView выяснилось, что различий в выравниваниях не нашлось,
поэтому в проект было добавлено выравнивание программой needle, в котором уже были различия с тремя предыдущими выравниваниями. Выравнивания в проекте JalView
расположены в следующем порядке (сверху вниз): muscle, MAFFT, ClustalW, needle. Из множественных выравниваний последовательность KCY_HUMAN была скрыта, а сами
последовательности объединены в группы. Участок с различиями выделен цветом.
Далее приведены три отличия:
1) Пятый аланин у E. coli выровнен с четвертым лизином B. subtilis в программах множественного выравнивания, а needle его выровнял с восьмым
аланином B. subtilis.
2) Второй треонин E. coli программами множественного выравнивания выравнивается с первым метионином у B. subtilis, а needle'ом выравнивается с
пятым лейцином B. subtilis.
3) Девятый треонин E. coli программами множественного выравнивания ставится в соответствие восьмому аланину B. subtilis, а программа needle
выравнивает его с гэпом.
Выравнивания, сделанные программами множественного выравнивания выглядят более правдоподобными, потому что их, во-первых, три, а во-вторых, они не ставят напротив
гэпов такую важную аминокислоту, как лизин. В них также в целом выравнено больше аминокислот.
Ссылка на проект JalView