Выравнивание последовательностей белков кишечной и сенной палочек

В выравниваниях использовались последовательности белков бактерий Escherichia coli (strain K12) (мнемоника ECOLI) и Bacillus subtilis (strain 168) (мнемоника BACSU). Программы для выравнивания needle и water запускались со стандартными параметрами, а именно, gap_penalty: 10.0 и extend_penalty: 0.5. Были выбраны белки с мнемнониками, встречающимися у обоих организмов с мнемониками: RECA, KCY, IDH. Ниже приведены результаты выравниваний.

1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков (needle)

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Protein RecA	RECA_ECOLI	RECA_BACSU	1069.5	56.9%	75.7%	23	5
Cytidylate kinase	KCY_ECOLI	KCY_BACSU	451.5	42.6%	60.0%	9	3
Isocitrate dehydrogenase [NADP]	IDH_ECOLI	IDH_BACSU	1451.5	65.6%	77.1%	27	6

2. Характеристики локального парного выравнивания тех же трёх пар белков (water)

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Protein RecA	RECA_ECOLI	RECA_BACSU	1072.5	58.5%	77.8%	16	3	98,6%	97,9%
Cytidylate kinase	KCY_ECOLI	KCY_BACSU	463.0	44.9%	63.0%	0	0	100%	100%
Isocitrate dehydrogenase [NADP]	IDH_ECOLI	IDH_BACSU	1453.5	67.0%	78.8%	19	4	96.2%	99.3%

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам.

Глобальное выравнивание (needle)

Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Glc operon transcriptional activator	Mannonate dehydratase	GLCC_ECOLI	UXUA_BACSU	16.5	12.7%	23.4%	189	13

Локальное выравнивание (water)

Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Glc operon transcriptional activator	Mannonate dehydratase	GLCC_ECOLI	UXUA_BACSU	33.0	21.2%	36.4%	30	13	84,8%	69,7%

В сравнении с глобальным выравниванием пар гомологичных белков, глобальное выравнивание неродственной пары отличается очень сильно. Это заметно и по процентам схожести и по количеству гэпов. Однако локальное выравнивание в связи с малым размером рассматриваемого участка немного напоминает по результатам локальное выравнивание гомологичных пар.

4. Глобальное выравнивание белков RECA_ECOLI и RECA_BACSU в виде проекта Jalview

5. Множественное выравнивание белков в виде проекта Jalview

Для выравнивания были выбраны белки: RECA_MYCTU, RECA_ECOLI, RECA_BACSU, RECA_HELPY и RECA_PSEST соответственно. Все белки выровнялись хорошо. По моему мнению они гомологичны. У выравнивания наблюдается выраженная структура: много консервативных участков, чередующихся с неконсервативными.