В белке было обнаружено одно большое гидрофобное ядро, насчитывающее 1206 атомов, что составляет около 29% от общего числа атомов в белке. После выполнения скрипта видно, что на поверхности белка присутствуют гидрофобные участки. Возможно, они нужны для соприкосновения с другими гидрофобными молекулами, например, другими белками или липидами.
Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре белка (скрипт Surround).
1. Даже на расстоянии 7 ангстрем сквозь оболочку из других атомов, можно увидеть атомы выбранного остатка.
2. Характерное расстояние между атомами в белке - 3 ангстрема. На этом шаге появилось количество атомов, сильно превосходящее количество атомов предыдущих шагов.
3. Нет, не может. Ван-дер-Ваальсов радиус кислорода равен 1.4 ангстрема, то есть диметр 2.8 ангстрем, плюс в воде кроме кислорода есть водород. Также нужно учитывать Ван-дер-Ваальсовы радиусы атомов внутри белка. И азот, и углерод имеют радиусы, близкие к 1.5 ангстремам. Итак, (3 - 2.8 - 1.5 - 1.5) меньше 0.
Взаимодействие белка и ДНК (скрипт ProtDna).
Белки, взаимодействующие с ДНК: гистоны, составляющие нуклеосомы вместе с ДНК, белки, метилирующие ДНК (метилтрансфераза), режущие её, реплицирующие (ДНК-полимераза), РНК-полимераза, обеспечивающая транскрипцию, транскрипционные факторы, регулирующие работу РНК-полимеразы, хеликазы, разрывающие водородные связи между цепочками нуклеотидов в молекуле ДНК и разрезающие её, белки, осуществляющие репарацию ДНК.