Множественное выравнивание.

Задания 1 и 2

Ссылка на выравнивание в fasta-формате
Ссылка на выравнивание в jvp-формате

Рис. 1 Филогенетическое дерево последовательностей. На всех рисунках ниже последовательности отсортированы по этому дереву.

Рис. 2 Раскраска BLOSSUM62.

Рис. 3 Раскраска ClusalX. Разметка Blocks отражает принадлежность участка выравнивания к блоку (B) или пространству между блоками в кластере (C). Также выделен наиболее длинный участок, не принадлежащий кластерам (X). Последние 3 блока можно объединить в кластер.

Рис. 4 На рисунке выделен участок выравнивания, на котором можно ожидать гомологичность последовательностей LACLK, LISML и ENTFO (стоит заметить, что в филогенетическом дереве они стоят очень близко), потому что колонки этих последовательностей образуют блок. При этом нет данных за гомологичность остальных последовательностей на данном участке.

Задание 3

Количество абсолютно консервативных позиций: 10
Количество абсолютно функционально консервативных позиций: 17
Количество позиций, консервативных не меньше, чем на 70%: 16
Количество позиций, функционально консервативных не меньше, чем на 70%: 20
Процент абсолютно консервативных позиций: 38.46%
Процент абсолютно функционально консервативных позиций: 65.38%
Процент позиций, консервативных на 70%: 61.54%
Процент позиций, функционально консервативных на 70%: 76.92%
Величины посчитаны для блока, изображённого на рис. 6.

Рис. 5
Количество позиций с гэпами: 3
Процент позиций с гэпами: 15%
Величины посчитаны для самого длинного участка между кластерами (он обозначен X на рис. 5).

Задание 4


Рис. 6 К оригинальному выравниванию была добавлена последовательность EUBR3.
Ссылка на EUBR3 в fasta-формате

Задание 5


Рис. 7 К оригинальному выравниванию была добавлена заведомо негомологичная последовательность, вырезанная из начала белка другого студента с pdb-идентификатором 4Q2G. Удалось найти 12 совпадений с функционально консервативными не менее, чем на 70% участками выравнивания.

Задание 6


Рис. 8 Первый хороший блок. Выделен чёрной рамкой.

Рис. 9 Второй хороший блок. Также выделен чёрной рамкой.
Не было найдено вертикальных блоков, затрагивающих все последовательности, как и ожидалось от негомологичных последовательностей. Встречаются абсолютно функционально консервативные столбцы (гидрофобные), но это, скорее всего, связано с частотой встречаемости аминокислот.
© Борис Бостан