Парные выравнивания
Ссылка на проект в jvp-формате
Ссылка на последовательность ROSHA в fasta-формате
Ссылка на последовательность BUTPB в fasta-формате
Рис. 1 Парное выравнивание, полученное из множественного.
Рис. 2 Глобальное выравнивание, полученное с помощью программы needle со стандартными параметрами.
Рис. 3 Глобальное выравнивание, полученное с помощью программы needle с параметрами [gap open] = 5, [gap extension] = 0.5.
Рис. 4 Локальное выравнивание, полученное с помощью программы water со стандартными параметрами.
Рис. 5 Локальное выравнивание, полученное с помощью программы water с параметрами [gap open] = 10, [gap extension] = 5.
Рис. 6 Глобальное выравнивание негомологичных последовательностей, полученное с помощью программы needle с параметрами [gap open] = 1, [gap extension] = 0.5.
Рис. 7 Локальное выравнивание негомологичных последовательностей, полученное с помощью программы water со стандартными параметрами.
Комментарии:
"Хорошее" глобальное парное выравнивание (needle): одинаковых - 43.1%; сходных 16.7%; гэпов - 0;
"Плохое" глобальное парное выравнивание (needleNonHom): одинаковых - 9.3%; сходных - 6.5%; гэпов - 7;
Глобальное c gap open = 1, extension = 0.5 (needle1): одинаковых - 43.4%; сходных 9%; гэпов - 24;
Хорошо видно, что "плохое" выравнивание действительно плохое
Локальное парное выравнивание (water): одинаковых - 45.8%; сходных 17.8%; гэпов - 0;
Глобальные выравнивания лучше локальных для определения негомологичных последовательностей (локальное выдает слишком большое количество совпадений)
Множественные выравнивания лучше парных, ведь при их использовании резко уменьшается вероятность случайных совпадений