Выбранный геном: геном фага Escherichia phage YD-2008.s (GenBank AC: NC_027383.1, ссылка на геном)
Таксономия: Viruses; dsDNA viruses, no RNA stage; Caudovirales; Siphoviridae; unclassified Siphoviridae; Escherichia phage YD-2008.s
Таблица с результатами сравнения: ссылка
Всего генов по данным GenBank 62. Сервер RAST нашел все гены данного фага, для всех генов совпадают старт- и стоп-кодоны. В таблице сравнения аннотаций
выделены те гены с различиями в аннотациях, для которых произведена проверка с помощью blast.
Для первого гена поиск в blast выдал множество результатов, указывающих на то, что функции данного белка неизвестны. Однако некоторые результаты подтверждают,
что данный белок является ДНК-метилазой, как указано в GenBank.
Для второго гена найдена одна достоверная находка из фага Sodalis phage SO1, которая подтверждает аннотацию RAST (белок - putative DNA ligase).
Для третьего гена большинство находок blast подтверждает аннотацию GenBank.
В целом, RAST - хороший сервер для аннотации генов прокариот. Этот сервер смог верно аннотировать все гены, описанные в GenBank, хотя для некоторых из них RAST указывает неточную аннотацию (функцию продукта).
© Батырша Бостанов