Задание 1

Упражнение 1

Хорошие параметры для тРНК 1N78: gap penalty:10, threshold:15, match:3, mismatch:-4

Рис. 1 Изображение вторичной структуры тРНК, полученное с помощью программы RNAfold.

Упражнение 2

Таблица 1. Сравнение предсказаний вторичной структуры тРНК разными методами.
Участок структуры Позиции в структуре Результаты предсказания с помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5'-501-507-3' 5'-572-566-3' всего 7 пар. 4/7 7/7
D-стебель 5'-510-513-3' 5'-522-525-3' всего 4 пары 3/4 5/4
T-стебель 5'-549-553-3' 5'-561-565-3' всего 5 пар 0/5 5/5
Антикодоновый стебель 5'-538-544-3' 5'-526-532-3' всего 7 пар 0/7 6/7
Общее число канонических пар нуклеотидов 20 18 20

Задание 2

Таблица 2. Количество различных ДНК-белковых контактов в 1TRO.pdb.
Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 11 65 76
остатками фосфорной кислоты 18 14 32
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 0 7 7
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 8 11 19
Очевидно, неполярных контактов гораздо больше, чем полярных, причём большинство контактов - остатками дезоксирибозы, то есть бороздки, в основном, не участвуют во взаимодействии, поэтому, возможно, этот белок может связываться не только со специфичными мотивами ДНК. Скрипт , с помощью которого была получена таблица.

Упражнение 3


Рис. 2 Популярная схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью программы nucplot.

Упражнение 4

Всего оказалось два остатка с наибольшим количеством контактов - по 4 штуки - ARG168 и ASN175.

Рис. 3 Изображение остатка ARG168 с наибольшим (4) количеством контактов. Скорее всего, он является важным для распознавания этого мотива ДНК, так как контактирует с атомами оснований.

Рис. 4 Изображение ещё одного остатка ASN175 с наибольшим (4) количеством контактов. Скорее всего, он тоже является важным для распознавания этого мотива ДНК, так как контактирует с атомами оснований.