Ключ | Описание | Пример |
CDS | Кодирующая последовательность. Последовательность нуклеотидов, соответствующая последовательности аминокислот белка. Ключ включает последовательность белка, транслированного с последовательности нуклеотидов. |
CDS 109..717 /gene="sod" /EC_number="1.15.1.1" /codon_start=1 /transl_table=11 /product="superoxide dismutase" /db_xref="GOA:P28763" /db_xref="HSSP:P00448" /db_xref="InterPro:IPR001189" /db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P28763" /protein_id="CAA45406.1" /translation="MTYELPKLPYTYDALEPNFDKETMEIHYTKHHNIYVTKLNEAVS GHAELASKPGEELVANLDSVPEEIRGAVRNHGGGHANHTLFWSSLSPNGGGAPTGNLK AAIESEFGTFDEFKEKFNAAAAARFGSGWAWLVVNNGKLEIVSTANQDSPLSEGKTPV LGLDVWEHAYYLKFQNRRPEYIDTFWNVINWDERNKRFDAAK" |
D-loop | Петля сдвига. Короткая цепочка ДНК, спаренная с другой цепочкой, которая замещает оригинального партнёра. Также употребляется для описания реакции замещения одной цепочки ДНК в двухцепочечной молекуле на другю цепочку, катализируемой белком RecA. |
D-loop 15654..16529 /note="control region" |
repeat_region | Участок генома, состоящий из повторов. |
repeat_region 112..138 /rpt_type=tandem /rpt_unit_seq="ctt" /satellite="microsatellite:Gacu13" |
3'UTR |
1)Участок ДНК на 3'-конце зрелого транскрипта после стоп-кодона, который не транслируется в белок. 2)Участок на 3'-конце генома РНК-вируса после последнего стоп-кодона, который не транслируется в белок |
3'UTR 15631..15717 |
regulatory | Любой участкой ДНК, который принимает участие в регуляции транскрипции или трансляции. |
regulatory 56..235 /regulatory_class="enhancer" /gene="prolactin" |
stem_loop | Двуцепочечный регион сформированный спаренными комплементарными цепочками ДНК и РНК . |
stem_loop 15606..16092 /inference="ab initio prediction:secondary structure" |
source | Указывает на биологический источник участка генетического материала определённой протяжённости. Этот ключ является обязательным; допускается более чем одна инстанция этого ключа на одну последовательность. |
source 1..8102 /organism="Babesia bovis" /mol_type="genomic DNA" /db_xref="taxon:5865" /clone="Segment601" /transgenic |
STS | Тэгированный сайт последовательности; единственная копия короткой последовательности ДНК, которая характеризует landmark разметки генома и может быть обнаружена с помощью ПЦР. Участок генома может быть размечен с помощью определения порядка STS. |
STS 679..1734 /gene="Itih4" /gene_synonym="ITI-HC4; Itih-4; PK-120" /standard_name="Itih4" /db_xref="UniSTS:265229" |
S_region | Участок переключения тяжёлых цепей имммуноглобулина. Вовлечён в перестройку тяжёлых цепей иммуноглобулина, чтобы тот же самый B-лимфоцит производил другой класс иммуноглобулинов. |
S_region 1..63 |
tmRNA | Транспортно-матричная РНК; тмРНК работает сначала как тРНК, а потом как мРНК, которая кодирует пептидный тэг; рибосома транслирует этот участок мРНК и прикрепляет пептидный тэг к C-концу незаконченного белка; этот присоединённый тэг делает белок целью разрушения или протеолиза. |
tmRNA complement(730702..731042) /locus_tag="Asbog_00659" /product="tmRNA" /inference="COORDINATES: profile:ARAGORN:1.2.28" |
Название находки | Покрытие | Идентичность | Систематика организма | Ссылка на файл GenBank | Ссылка на выравнивание с нашей последовательностью в формате fasta | E-value находки |
Halechiniscus remanei 18S ribosomal RNA gene, partial sequence | 87% | 86% |
Halechiniscus remanei Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Tardigrada; Heterotardigrada; Arthrotardigrada; Halechiniscidae; Halechiniscus. |
Ссылка на GenBank | Ссылка | 9e-127 |
Halechiniscus perfectus 18S ribosomal RNA gene, partial sequence | 86% | 86% |
Halechiniscus perfectus Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Tardigrada; Heterotardigrada; Arthrotardigrada; Halechiniscidae; Halechiniscus. |
Ссылка на GenBank | Ссылка | 3e-126 |
Ramazzottius oberhaeuseri isolate Tar400 18S ribosomal RNA gene, partial sequence | 86% | 83% |
Ramazzottius oberhaeuseri Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Tardigrada; Eutardigrada; Parachela; Hypsibiidae; Ramazzottius. |
Ссылка на GenBank | Ссылка | 8e-115 |
Astatumen trinacriae isolate Tar715 18S ribosomal RNA gene, partial sequence | 86% | 84% |
Astatumen trinacriae Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Tardigrada; Eutardigrada; Parachela; Hypsibiidae; Astatumen. |
Ссылка на GenBank | Ссылка | 3e-114 |
Acutuncus antarcticus gene for 18S ribosomal RNA, partial sequence | 86% | 83% |
Acutuncus antarcticus Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Tardigrada; Eutardigrada; Parachela; Hypsibiidae; Acutuncus. |
Ссылка на GenBank | Ссылка | 3e-113 |