Практикум 8

Задание 2

Область поиска: таксон Tardigrada
Стратегия поиска с помощью blastn
Стратегия поиска с помощью megablast
Стратегия поиска с помощью discontiguous megablast
blastn megablast discountinous megablast
Число находок 380 377 377
E-value и процент сходства для худшей находки 4.2; 100% при покрытии 2% 2e-17; 100% при покрытии 6% 6e-17; 100% при покрытии 6%
Примеры последовательностей, не найденных другими алгоритмами Три худшие находки с E-value 4e-07, 0.099 и 4.2 -* -*
Объяснение, почему не найдены discontigous megablast и megablast ищут близкие гомологи. - -
* - blastn нашёл то, что нашли они, а множества их находок одинаковы между собой.

Задание 3.2

Поиск вёлся по геному организма X5(Amoboaphelidium)

Выбранные гены.

1) NU107_HUMAN
Белок Nup107, компонент ядерных пор. Играет роль в сборке и работе ядерных пор (nuclear pore complex (NPC)), через которое осуществляется транспорт белков из цитоплазмы в ядро. Необходим для сборки белков на периферии ядерных пор.
2) TERT_HUMAN
Компонент теломеразы, субъединица, которая осуществляет обратную транскрипцию на основе РНК матрицы, что приводит к удлинению теломер (участков на концах хромосом).
3) CND1_HUMAN
Субъединица 1 конденсина. Конденсин необходим для упаковки интерфазного хроматина в хромосомы, которые наблюдаются при митозе.
4) SRP68_HUMAN
Субъединица SRP68 комплеса узнавания сигнала (signal recognition particle (SRP)). Непосредственно взаимодействует с 7S РНК и с субъединицей SRP72. Рибонуклеопротеиновый комплекс SPR, в состав которого входят 6 различных белков и SRP RNA, участвует в транспорте белков, предназначенных для секреции, в шероховатый ЭПР.
5) MYH10_HUMAN
Миозин 10, белок, участвующий в цитокинезе, поддержании формы клетки и в некоторых специализированных функциях, таких как секреция. Связывается с LARP6 для стабилиации мРНК коллагена типа I. В процессе деления клетки играет важную роль в преобразовании цитоскелета, создании фокальных межклеточных контактов (в центральной части делящихся клеток) и удлинении ламеллиподий.

Рис. 1 Выдача blast для TERT. Есть две хороших находки.

Рис. 2 Выдача blast для NU107. Есть две хороших находки.

Рис. 3 Выдача blast для CND1. Есть две хороших находки.

Рис. 4 Выдача blast для SRP68. Ни одну находку нельзя назвать хорошей.

Рис. 5 Выдача blast для MYH10. Есть семь хороших находок.

Комментарии

Для SRP68 не нашлось гомологов, скорее всего, потому что этот белок больше нужен многоклеточным организмам для узнавания клеточных сигналов.
Для каких-то белков нашлось несколько гомологов, потому что это могут быть паралоги или просто копии гена, с которых транскрибируется один и тот же продукт.