Практикум 1. Что такое филогенетическое дерево

В таблице 1 представлена информация о бактериях, с которыми я работал в этом практикуме.

Таблица 1. Выбранные виды бактерий и их мнемоники.

Название вида Мнемоника
Agrobacterium tumifaciens AGRRK
Rhizobium etli RHIEC
Burkholderia cenocepacia BURCA
Pseudomonas aeruginosa PSEAE
Erwinia tasmaniensis ERWT9
Salmonella typhimurium SALTY
Vibrio fischeri VIBFM
Proteus mirabilis PROMH

Филогенетическое дерево для данных бактерий (получено из предложенного общего дерева) представлено на рисунке 1.

Рисунок 1. Филогенетическое дерево выбранных видов бактерий.

Скобочная формула для данного дерева: ((AGRRK, RHIEC), (BURCA, (PSEAE, (VIBFM, (PROMH, (SALTY, ERWT9))))));

Список нетривиальных ветвей:

  1. {AGRRK, RHIEC} против {BURCA, PSEAE, VIBFM, PROMH, SALTY, ERWT9}
  2. {SALTY, ERWT9} против {BURCA, PSEAE, VIBFM, PROMH, AGRRK, RHIEC}
  3. {PROMH, SALTY, ERWT9} против {BURCA, PSEAE, VIBFM, AGRRK, RHIEC}
  4. {VIBFM, PROMH, SALTY, ERWT9} против {BURCA, PSEAE, AGRRK, RHIEC}
  5. {PSEAE, VIBFM, PROMH, SALTY, ERWT9} против {BURCA, AGRRK, RHIEC}

Таксономия

В таблице 2 представлена таксономия выбранных видов бактерий. Информация взята из базы данных NCBI.

Таблица 2. Таксономия выбранных видов бактерий.

Вид Мнемоника Таксономия (с типа)
Agrobacterium tumifaciens AGRRK Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium; Agrobacterium tumefaciens complex
Rhizobium etli RHIEC Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Rhizobium
Burkholderia cenocepacia BURCA Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex
Pseudomonas aeruginosa PSEAE Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas; Pseudomonas aeruginosa group
Erwinia tasmaniensis ERWT9 Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Erwinia
Salmonella typhimurium SALTY Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica; Salmonella enterica subsp. enterica
Vibrio fischeri VIBFM Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Vibrionales; Vibrionaceae; Aliivibrio
Proteus mirabilis PROMH Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Proteus

  1. ветвь №1 отделяет класс Alphaproteobacteria от всех остальных протеобактерий
  2. ветвь №5 отделяет класс Gammaproteobacteria от всех остальных протеобактерий
  3. ветвь №3 отделяет семейство Enterobacteriaceae порядка Enterobacteriales
  4. ветвь №1 также отделяет представителей Rhizobium/Agrobacterium group

© Батырша Бостанов
На страницу семестра
На главную