Практикум 11
Анализ насыщенности тегов gene ontology
Для анализа использовался список list7.txt .
В списке 10 генных символов, все 10 нашлись с помощью в сервисе Panthera.
Выдача содержит 33 тега GO, которые были отобраны сервисом по FDR < 0.05.
Ниже приведён список 10 наиболее значимых по FDR тегов:
- fatty acid beta-oxidation
- fatty acid oxidation
- lipid oxidation
- fatty acid catabolic process
- monocarboxylic acid catabolic process
- carboxylic acid catabolic process
- organic acid catabolic process
- cellular lipid catabolic process
- lipid modification
- small molecule catabolic process
В целом, уже из списка можно понять, что гены, похоже, имеют отношение к катаболизму жирных кислот, а конкретно, к бета-окислению.
На рисунке ниже представлен граф 5-ти наиболее значимых по FDR тегов GO, они отмечены светло-жёлтым цветом.
В графе представлены только понятийные отношения укрупнения концептов.
Полученная картинка позволяет предположить, что использованный список генов объединяется бета-окислением жирных кислот - одним из базовых биохимических процессов, позволяющим получать ацетил-КоА из жирных кислот для дальнейшей поставки в цикл Кребса и создания восстановительных эквивалентов для работы дыхательной цепи.
STRING
Вышеуказанный список генов был также проанализирован с помощью сервиса STRING, который использует базу данных белков-белковых взаимодействий в разных организмах. На картинке ниже показан граф взаимодействий между белками, соответсвующими генным символам из использованного списка.
По данным STRING белки из списка взаимодействуют между собой всеми способами, которые только есть в базе, а именно: коэкспрессируются, находятся в геноме по соседству, гомологичны друг другу, встречаются вместе в разных организмах, некоторые могут сливаться, могут связываться друг с другом в экспериментах коиммунопреципитации и/или дигибридной дрожжевой системы.
Все 10 белков имеют экспериментальную или предсказанную 3D-структуру.
На картинке ниже представлена теплокарта схожести соответствующих белков из геномов разных организмов с белками человека.
Можно предположить, что использованный список генов достаточно консервативен даже между прокариотами и эукариотами, что согласуется с представлением о бета-окислении жирных кислот как о фундаментальном биохимическом процессе.
На рисунке ниже представлена теплокарта коэкспрессии генов из списка в клетках человека и других организмов.
В человеке, похоже, экспрессия генов бета-окисления жирных кислот скоррелирована меньше, чем в других эукариотах.
© Борис Бостан
На страницу семестра
На главную