Практикум 12

Метаболические пути - KEGG

Для анализа использовался метаболический путь с идентификатором map00220 - биосинтез аргинина.
На рисунке ниже представлена схема референсного метаболического пути.

Для анализа была выбрана реация синтеза фосфорилированного карбамата из аммиака, углекислого газа и АТФ с идентификатором R00149 . На рисунке ниже представлена выбранная реакция в метаболическом пути (отмечена красным цветом)

На картинке ниже представлена формула выбранной реакции. Фосфорилированный карбамат справа, аммиак слева, АТФ и углекислый газ внизу слева направо. Интересно, что в ходе реакции участвует 2 АТФ, поэтому один фосфат уходит в среду.

Реакцию катализирует карбамоилфосфатсинтаза, название хорошо подходит под саму реакцию. Идентификатор EC 6.3.4.16. Первый уровень номенклатуры - 6 - лигаза, то есть фермент, который соединяет несколько молекул (в данном случае, аммиак и углекислый газ) с одновременным гидролизом АТФ (откуда приходит фосфат). Второй уровень номенклатуры - 3 - ферменты, образующие связи между углеродом и азотом, карбаматы как раз, являются такими соединениями. Третий уровень номенклатуры - 4 - другие углерод-азот лигазы, четвёртый уровень номенклатуры - собственно идентификатор фермента карбамоилфосфатсинтаза
На картинке ниже представлен метаболический путь для Xenopus laevis , ферменты, присутствующие в геноме отмечены зелёным, фермент, катализирующий выбранную реакцию, покрашен красным (он присутствует в геноме).

По версии KEGG геном Xenopus laevis содержит 31644 генов, кодирующих белки, и 42 гена, кодирующих РНК и 341 метаболический путь.
На картинке ниже представлен метаболический путь для Yersinia pestis , ферменты, присутствующие в геноме отмечены зелёным, фермент, катализирующий выбранную реакцию, никак не покрашен (он не присутствует в геноме).