Практикум 13
Мембранные белки
Для анализа использовался бактериородопсин из мембраны Halobacterium salinarium , идентификатор структуры в PDB - 1AT9, этот белок использует энергию света, которую улавливает с помощью хромофора, для выкачивании протонов из цитоплазмы клетки бактерии во внешнюю среду.
Последовательность белка в формате fasta .
На рисунке ниже представлено предсказание TMHMM для выбранного белка с вероятностями участков быть внутри мембраны, а также снаружи или внутри пространства, отделяемого мембраной.
Сервис достаточно уверенно предсказывает 6 трансмембранных участков и, менее уверенно, 7-й на конце последовательности. Интересно, что по предсказанию, белок проходит сквозь мембрану из цитоплазмы во внешнюю среду и предсказания "снаружи" и "внутри" чередуются.Конец, последовательности, возможно, не обладает характерной для трансмембранного участка последовательностью или, может быть, последовательность белка была урезана при расшифровке структуры.
На рисунке ниже представлена визуализация расположения выбранного белка в мембране.
Из рисунка видно, что в последовательности белка содержится 7 трансмембранных участков.
© Борис Бостан
На страницу семестра
На главную