Для данного практикума было выбрано семейства доменов белков с AC: PF01080. Выбор пал на это семейство, так как оно удовлетворяло заданным условиям, к тому же меня заинтересовало его описание, которое будет представлено ниже. В таблице 1 представлены основные данные по данному семейству. Пресенилины - семейство родственных многопроходных трансмембранных белков, которые составляют каталитические субъединицы трансмембранного комплекса внутримембранной протеазы гамма-секретазы. Мутации в белках этого семейства вызывают болезнь ранневозрастного альцгеймера.

На 3D-cтруктуре человеческого peresilin-1 (рисунок 1)можно увидеть непосредственно его белковую последовательность в комплексе с фрагментом одного из его белковых субстратов, а также 2 активных центра.

На основании выравнивания последовательностей можно увидеть, что оно (выравнивание SEED ) имеет 49 последовательностей и 686 колонок, из которых:

1. Максимальный достоверный (консервативный) блок выравнивания, включающий все последовательности, имеет в своем составе 4 аминокислотных остатка: 662-665 [PALP]

2. 100% консервативные блоки/колонки: 220 [D], 224-225 [VL], 229 [G], 231 [L], 612-613 [GD], 620 [L], 646 [G], 650 [T], 662-665 [PALP]

3. Максимальный достоверный блок, включающий не все последовательности: 223-225 [AVL], 46 последовательностей

4. Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции: 284-310

Для построения карты локального сходства (рисунок 2) я выбрала 2 белка из 2 разных доменов: Из карты видно, что на прямой есть 13 прерывичтых участков, каждый из которых соответствует одному инделю. Исходя из этого можно сделать вывод, что белки схожи между собой и, вероятнее всего, гомологичны.