Исследование данных о белке Signal recognition particle receptor FtsY из базы данных UniProt

1. Выбор белка

В первом семестре я делала мини-обзор генома бактерии Enterococcus lactis. В этой работе будет рассмотрен один из белков данной бактерии. Для выбора белка был выполнен поиск в разделе Advanced search по базе данных UniРrot на сайте UniProt.org по запросу названия бактерии Enterococcus lactic (см рис 1)

Рисунок 1.Поисковая строка окна UniProt

После поиска мне был представлен большой перечень из различных белков данной бактерии. Прочитав краткую информацию про некоторые из них, мой выбор пал на белок SRPR FtsY (аббревиатура названия белка), потому что меня заинтересовало его название (рис 2)

Рисунок 2.Результаты поиска генов и белков бактерии

2. Краткое описание белка

Название:Signal recognition particle receptor(Рецептор частицы распознавания сигрнала)

Организм:Enterococcus lactis

Цитируемость:3/5

Функция:Участвует в «нацеливании» и встраивании новых мембранных белков в цитоплазматическую мембрану. Действует как рецептор комплекса, образованного частицей распознавания сигналов (SRP) и (FtsY)

3. Кластеры похожих белков

Для выполнения этого задания я воспользовалась функцией ID mapping возле поисковой строки в верхней части окна. (рис3,4)

Рисунки 3,4.Использование ID Mapping

4. Работа с расширенным поиском

Ниже будут представлены результаты заданных в расширенный поиск запросов по бактерии Enterococcus lactis, а также по ее белкам и генам.

Запрос №1. Встреается ли ген ftsy в других организмах?

(gene:ftsy) NOT (taxonomy_id:357441)

По данному запросу было найдено 41,987 организмов, в которых встречается ген ftsy помимо Enterococcus lactis

Запрос №2. Белок Signal recognition particle receptor FtsY бактерии Enterococcus lactis выведен по гомологии. Это означает, что его существование возможно, так как существуют его ортологи в других организмах. Было интересно узнать, существуют ли эти же белки у других организмов, имеющие более высокий уровень подтверждения существования.

(protein_name:"Signal recognition particle receptor FtsY") AND (existence:1)

Запрос показал 11 белков Signal recognition particle receptor FtsY других организмов, существование которых доказано на белковом (первом) уровне

Запрос №3. Встречаются ли в протеоме бактерии Enterococcus lactis белки-рецепторы (помимо белка Signal recognition particle receptor FtsY)?

(taxonomy_id:357441) AND (cc_function:receptor)

В протеоме бактерии найдено 2 белка-рецептора

Источники

Ccылка на описание белка Signal recognition particle receptor FtsY