Используемая команда:

Используемая команда:

Для выполнения этого задания я снова выбрала 2 произвольных белка предложенных бакткрий, но на этот раз один из них принадлежал бактерии Escherichia coli (strain K12) [СBL_ECOLI], а другой - Bacillus subtilis (strain 168) [ССА_BACSU]. Затем я применила к соответствующим файлам программы глобального и локального выравнивания, как это было сделано в заданиях 1 и 2, и на основании полученных данных составила сравнительную таблицу (см. Таблица 3). Из данных в Таблице 3 видно, что белки имеют низкие индексы идентичности и схожеси при обоих типах выравнивания, а также сравнительно больше количество гэпов, что подтверждает выбор этих белков, как удовлетвояющий заданным условиям. К тому же, можно предположить, что именно из-за этих отличий в том числе белки выполняют различные функции. Например, Например, HTH-type transcriptional regulator cbl (СBL_ecoli) может быть дополнительным регуляторным белком в составе цис-регулона, а CCA-adding enzyme (ССA_bacsu) катализирует добавление и восстановление необходимой 3’ коцевой последовательности ССА в тРНК без использования матричной нуклеиновой кислоты. Однако также можно заметить, что процент схожести в локальном выравнивании выше, чем в глобальном. Возможно, существует какая-то совокупность свойств этих белков, позволяющая проявлять частично схожие функции.

Для выполнения данного задания я выбрала 1 из белков, рассматриваемых в 1 задании: FMT_*, где * - принадлежность к какому-либо организму (полное имя белка см. в задании1). Через базу UniProt KB и ее расширенный поиск я посмотрела, у каких организмов встречается данный белок. Учитывая банк Swiss-Prot, запрос выдал 696 результатов, из которых я выбрала 7 следующих: соответственно принадлежащие организмам: Затем я создала файл FMT_txt, строками которого являются sw:FMT_*. Далее командами формируется нужный файл в формате fasta. Полученный файл был открыт в Jalview, ссылка на который представлена ниже: Исходя из результатов, сложно судить о гомологии всех 7 выбранных белков, так как визуально можно оценить большое количество гэпов, например блоки [347-358], [283-295], крупный блок [1-49], а также малую протяженность консервативных блоков. Наряду с ними можно увидеть схожие блоки: [52-72], [85-92], [121-138], но самое заметное сходство наблюдается в блоке [160-262], в котором практически нет даже единичных гэпов и заметны консервативные колонки. Также можно рассмотреть белки попарно. В упомянутом блоке с 1 по 49 аминокислотный остаток наблюдается практически абсолютное сходство между белковыми последовательностями FMT_HUMAN и FMT_BOVIN, принадлежащими таксиномически близким организмам, поэтому между ними наблюдается наибольшее сходство, что говорит о гомологии данных белков. Подобную ситуацию можно также наблюдать при сравнении последовательностей FMT_ECOLI и FMT_SALTY имеющих одинаковые длину последовательноти,консервативные участки и даже количество гэпов.