Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
1. Генерирование последовательностей
С помощью программы fiber и инструментов ее пакета 3DNA я построила модели структур A-, B- и Z-формы ДНК. Последовательность каждой из нитей представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc" (для задания №3 была создала последовательность с десятикратным повторением для более удобного измерения длины витка). Структура дуплекса в А-форме была сохранена в файле gatc-a.pdb, структура дуплекса в В-форме в файле gatc-b.pdb, структура дуплекса в Z-форме в файле gatc-z.pdb (Z-структура с большим числом повторов: gatc10-z.pdb).
2. Анализ структур
Для анализа была взята "B" - форма ДНК, структура 1bna в базе данных PDB. Я рассмотрела азотистое основание C15 (цитозин). Из рисунка 1 видно, что в сторону малой бороздки смотрят атомы C2, O2 и N3, а в сторону большой - N4, C4, C5, C6, N1 (см атомы, вхдящие в состав С15).
Ниже представлена сравнительная таблица для 3 форм ДНК, полученных из пункта 1 путем генерирования (см табл. 1):
Рисунок 1.Изображение С15
Таблица 1.Сравнение разных форм ДНК
| ~ | А-ДНК | В-ДНК | Z-ДНК |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правозакрученная | Правозакрученная | Левозакрученная |
| Шаг спирали (Å) | 28,0 | 33,8 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 18,5 (A:DG-9 - B:DC-36) | 20,6 (A:DC-8 - B:DC-28) | 18,3 (A:DС-14 - B:DС-24) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 9,6 (A:DG-9 - B:DG-25) | 13,2 (A:DA-18 - B:DC-28) | 8,7 (A:DG-11 - B:DG-35) |
*При заполнении таблицы использовались данные, полученные на основе анализа структуры Z-формы ДНК с 10 повторениями
