В данном практикуме будет рассмотрена сборка генома Афалины, или большого бутылконосого дельфина (лат. Tursiops truncatus, что в переводе означает "похожий на дельфина") (см. Рис 1). Я выбрала данный организм, потому что дельфины считаются уникальными животными: они отличаются высоким интеллектом среди всех животных; их интеллект сравним с таковым для приматов. Эти водные млекопитающие также могут плавать с большой скоростью, а еще имеют острые зрение и слух и многие другие выдающиеся отличительные черты. В общем, дельфины - интересный объект для изучения. К сожалению, самих афалин на земле осталось не так уж и много: всего 600.000 особей, а распространены они, в основном, в умеренных и теплых водах мирового океана. Мне хотелось работать с геномами представителей непосредственно семейства дельфиновых, поэтому при формировании запроса в поисковой сроке базы данных NCBI, разделе Genome, я производила поиск по латинскому названию Tursiops (перевод выше), после чего мне было предложено уточнение запроса в виде "Tursiops truncatus (common bottlenose dolphin)". Далее из 7 предложенных геномов я выбрала единственный аннотированный в версии RefSeq и имеющий качество сборки на уровне cromosome. Это означает, что геном, скорее всего, полностью секвенирован и не содержит гэпов, либо хроосомы содержат так называемые "скэффолды" и "контиги" с гэпами между ними, либо же вовсе иметь необозначенные скэффолды. У Афалин 23 хромосомы в гаплоидном наборе. По запросу были найдены также другие данные, характеризующие сборку генома. Они представлены в Таблице 1. Из таблицы видно, что скэффолдам и контигам соответствуют параметры L50 и N50. Это означает, что для каждого вида участков генома параметр L характеризует число единиц генома, в котрых содержится 50% нуклеотидов сборки. Параметр N характеризует длину наименьшей из этих единиц. То есть, в данном геноме выявлен 361 скэффолд: из них 9 содержат 50% сборки генома, минимальная длина скэффолда - 108.4 Mb. Аналогично для контигов: всего - 1035, из них в 72 содержится 50% сборки, минимальная длина одного контига - 9.7 Mb. Данные версий RefSeq и GenBank идентичны друг другу, что может говорить о качестве сборки генома.