В ходе выполнения данного практикума были построены филогенетические деревья на основе выравнивания аминокислотных последовательностей цитохромов B выбранных в практикуме 1 организмов. Деревья далее визуализированы в программе ITol.

Деревья были укоренены в определенные ветви в соответствии с изображением 1 по возможности. Деревья, реконструированные программой fastme (изображения 2, 3) c параметрами p-distance и mtrev соответственно, топологически идентичны дереву, рекоструированному на основе таксономической принадлежности организмов. Значительно от этих деревьев отличается дерево, для рекнострукции которого была использована команда iqtree (изображение 4). Это дерево меньше всего соответствует таксономической действительности. Здесь можно увидеть новую кладу ((((GIRCA, BISBO), HUMAN), (MACGI, TRCKS)), RANAM), а также ((DAPCA, CHICK), BOACO), а клада (PELSU, BOACO) - отсутствует.