1. Реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям

Сравним филогенетические деревья, реконструированные на основе таксономии (изображение 1), выравнивании последовательностей цитохромов В выбранных организмов (изображение 2) и выравнивании нуклеотидных последовательностей (изображение 3).

Изображение 1.Филогенетическое дерево, построенное на основании таксономической принадлежности организмов (из пр1)

Изображение 2.Филогенетическое дерево, построенное на основании множественного выравнивания белковых последовательностей и при использовании команды fastme с параметром -рp-distance (из пр2)

Изображение 3.Филогенетическое дерево, построенное на основании множественного выравнивания нуклеотидных последовательностей и при использовании команды fastme с параметром -dp-distance

На изображении 3 можно увидеть возникновение новой клады ((DAPCA, CHICK),PELSU) и отсутствие клады (PELSU, BOACO), что противоречит реконструкции филогении по таксономии на изображении 1. Такжке на последнем изображении отсутсвует ветвь СARPO, так как для данного организма не было найдено нужной последовательности.

2. Укоренение во внешнюю группу

В качестве внешней группы я выбрала организм Рetromyzon marinu (последний общий таксон с ранее упоминаемыми организмами - позвоночные) с мнемоникой организма PETMA. Также получившееся филогенетическое дерево было укоренено в ветвь, соответствующую данному организму (см. изображение 4).

Изображение 4.Филогенетическое дерево, реконструированное на основании множественного выравнивания нуклеотидных последовательностей ранее представленных организмов и Рetromyzon marinu, при помощи команды fastme

Можно наблюдать наличие клады, вновь появившейся на изображении 3, а также уникальную среди всех деревьев на данный момент кладу (DANRE, RANAM).

3. Bootstrap

Изображение 5.Филогенетическое дерево, построенное на основании множественного выравнивания нуклеотидных последовательностей с использованием Bootstrap

На изображении 5 можно увидеть, что 4 ветки имеют числа поддержки 100, которые отделяют наиболее консервативные среди всех деревьев клады. Однако отдельная клада ((BISBO, GIRCA), HUMAN) имеет самое низкое число поддержки, равное 58, что странно, так как данная клада встречается у всех деревьев при любом виде реконструкции. Остальные ветки, на которых обозначены числа поддержки, встречаются в таком виде часто, но не всегда (что видно на примере изображений 1-5), поэтому эти числа колеблются в районе 80.