Описание пространственной структуры SYH_ECOLI по данным PDB, код 1KMN

Метод определения структуры РСА с разрешением 2.8 A. Диаметр белка 138.08 A = 13.808 нм(1.3808*10-9м) = 6.9404*10-3 бактерий E.coli.
На рисунке изображена третичная структура SYH_ECOLI, состоящая из четырех цепей, в каждой по ATP(Аденинозин трифосфат) и по молекуле гистидинола 
reset
background white
select all
wireframe 50
select *A
color yellow
select phe184:A.ca
label Histidyl-tRNA Synthetase, A-chain
select *B 
color green
select ala393:B.ca                         
label Histidyl-tRNA Synthetase, B-chain
select *C 
color orange
select ala183:C.ca                         
label Histidyl-tRNA Synthetase, C-chain
select *D 
color cyan
select asn394:D.ca                         
label Histidyl-tRNA Synthetase, D-chain
select water
color blue
select ATP
color black
select ATP452:A.c3*,:B.c3*,:C.c3*,:D.c3*
label Adenosine-5'-Triphosphate
select HSO
color black
select HSO451:A.1hn,:B.1hn,:C.1hn,:D.1hn
label Histidinol

pause

background black
restrict none
select HSO:A
color red
wireframe 50
select within(5.,HSO:A) and not ATP
color green
wireframe 150
select within(3.5,HSO:A) and not ATP
color orange
cpk 200
select HSO:A
color red
Этот скрипт определяет необходимые множества и генерирует два изображения:
  1. Общий вид белка
  2. Зона контакта белка с лигандами
На главную страницу семестра

©Ларионов Дмитрий