Изображение области связывания молекулы гистидинола с SYH_ECOLI

На рисунке: красным цветом обозначены атомы молекулы гистидинола оранжевым цветом изображены атомы аминокислотных остатков, контактирующие с лигандом (3.5 ангстрем) зелёным цветом изображены атомы аминокислотных остатков, возможно контактирующие с лигандом (5 ангстрем) В остовной модели изображена часть цепи А белка SYH_ECOLI находящаяся в близи от лиганда.

Генно-инженерный проект

1. Список аминокислотных остатков белка(цепь А), контактирующих с молекулой гистидинола при цепи А:Gly 285 Gly 284, Gly 84, Gly 304, Ala 284, Ala 306, Ala 86, Leu 261, Phe 305, Val 303, Cys 130, Arg 113, Arg 259, Glu 83, Glu 131, Gln 127, Tyr 264, Thr 85 - аминокислотные остатки в окрестности 5A.
2. Замена аминокислотного остатка белка, которая может привести к потере способности связывания B(цепь А) с М(NAP при цепи А): Thr 85 на Try 85
3. Предложение замены аминокислотного остатка белка, контактирующего с M, но тем не менее, предположительно, мало влияющая на способность связывания с М: Glu 131 на Asp 131
4. Обоснование предлагаемых замен:
   из структуры видно, что водородные взаимодействия между B(цепь А) и М(HSO при цепи А) образуют только Glu 131, Gln 127, Tyr 264, Thr 85. .
   • Thr образует водородную связь через атом O. Try имеет огромный гидрофобный радикал, который не образует водородную связь. Смещение положения аминокислот и HSO приведёт к разрыву Н-связей c Gln 127 и Tyr 264.
   • Glu 131 и Asp 131 мало отличаются по свойствам и размерам.