Гомология и выравнивание белковых доменов

Выбор домена

Вплоть до этого практикума, мы анализировали белок из системы секреции типа IV (T4SS protein). Теперь давайте поработаем с более аннотированным белковым комплексом из системы секреции типа VI - T6SS_VipA. Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 выполняет те же функции - транспорт макромолекул (плазмид, фрагментов ДНК, токсинов) через мембрану у грамм-отрицательных бактерий (как и T4SS). VipA и VipB (TssB и TssC) комплекса T6SS образуют трубчатую структуру, похожую на зубчатое колесо, через которую происходит трасфер макромолекул.

AC: PF05591

ID: T6SS_VipA

seed: 97

structures: 120

Выравнивание

файл Jalview с выравниванием

Таблица 11-3	Информация	Комментарии
Выравнивание seed	97 последовательности seed 84 последовательности в Jalview
МДБ-all	111-137
100% консервативные колонки в МДБ-all	111:[FL] ; 113:P ; 130:[RK] ; 133:L ; 136: [LMF]	Было выбрано окрашивание By Conservation и установлен параметр 100. Позицию 110 тоже можно было бы включить в блок, здесь аспаргиновая кислота иногда заменяется на такой же гидрофильный и полярный серин, и один раз заменяется на непохожий по свойствам аспаргин.
МДБ-notAll	столбцы 110-136 последовательности All\{10,30,44,47,59,57,69,78,83,84}	В таком выравнивании получается 9 консервативных позиций
100% консервативные колонки в МДБ-notAll	110:[D]; 111:[F]; 113:[P]; 120:[VI]; 123:[LVIM]; 126:[LV]; 130:[R]; 133:[L]; 136[L]	лейцин, валин, изолейцин и метионин обладают схожими свойствами, так что посчитаем корректным принять колонку 123 за функционально-консервативную.
Блоки не отражающие ход эволюции	39-54 85-98	здесь много гэпов и даже на низкий значениях индентичности ~20% здесь ничего не подсвечивается синим.

*МДБ - Максимальный достоверный блок