Pfam и карта локального сходства
Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2
Бактериальные патогены используют множество методов для вторжения в хозяев-млекопитающих, повреждения участков тканей и предотвращения реакции иммунной системы. Одним из важнейших компонентов этих стратегий для многих бактериальных патогенов является секреция белков через фосфолипидные мембраны. Есть множество систем секреции разной степени распространённости и специфичности. VipA - белок из системы секреции VI типа (рис. 1). Как и белковый комплекс системы секреции IV, которые мы обозревали ранее, VipA осуществляет транспорт молекул через 2-3 мембраны у грам-отрицательных бактерий. Из-за толстой клеточной стенки таким бактериям нужно формировать специальный белковый цилиндр для осуществления экскреции. VipA и VipB (TssB и TssC) комплекса T6SS образуют трубчатую структуру, похожую на зубчатое колесо, через которую происходит трансфер макромолекул (рис. 2). Оболочка такой иглы сокращается, чтобы обеспечить энергию, необходимую для доставки эффектора. Аппарат иглы или же трубки состоит из фагоподобного комплекса, похожего на хвост сократительного бактериофага T4, который, предположительно, прикреплен к мембране трансоболочечным комплексом.
PF05591 в Pfam
| Таблица 12-1 | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| AC pfam | PF05591 | |
| ID pfam | Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 | |
| #SEED | 84 | Столько же, сколько нам выдал Jalview для выравнивания, но меньше, чем указано в таблице семейств доменов, там указано 97 seed |
| #All | 1762 | |
| #SW | 1 | Type VI secretion system sheath protein TssB1 |
| #architectures | 24 | |
| #3D | 10 | |
| Taxonomy | 9992 | |
| #bacteria | 9924 | |
| #eukaryota | 14 | |
| [No kingdom] | 54 |
Карта локального сходства двух белков
| Таблица 12-2 | Информация |
|---|---|
| доменная архитектура 1 | PF05591 - PF05943 - PF18945 |
| белок с архитектурой 1 | Q1N514 (Type VI secretion system contractile sheath large subunit) - 561 AA |
| доменная архитектура 2 | PF05591 - PF00905 |
| белок с архитектурой 2 | A0A257WX67 (Penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein ) - 314 AA |
Доменная архитектура в большинстве случаев схожа, почти все белки это Vip белки той же системы секреции VI. Но есть одна занимательная находка: домен из белка системы секреции токсинов обнаружился в пенициллин-связывающем белке, содержащем также домен транспептидазы.
Координаты домена PF05591 у Type VI secretion system contractile sheath large subunit — 6-117 Координаты домена PF05591 у Penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein — 27-75
Интересно, что один и тот же домен имеет разную длину в двух белках. У пенициллин связывающего белка он короче более чем в 2 раза.
Белок Q1N514 длиннее, поэтому в выравнивании получилось много гэпов, что отражено на карте локального выравнивания (рис. 3).
