Формы ДНК

Построение форм ДНК

A-DNA
B-DNA
Z-DNA

Сравнение двух цепей

Рис.1 Сгенерированная нами цепь GATC*5 А-ДНК
Рис.2 Экспериментальная структура 3V9D А-ДНК

Явно заметно, что структура A-ДНК, полученная экспериментально, более неправильной формы и короче, чем наша сгенерированная.

Поиск бороздок

Рис.3 Большая и малая бороздки на A-ДНК
Рис.4 Цитозин

Видим на картинке, что в сторону малой бороздки у цитозина обращены атомы: O2, N1, C2 , а в сторону большой: C6, C5, C4, N4

Табл. 1
Форма Тип спирали Шаг спирали (Å) Число оснований на виток Ширина большой бороздки Ширина малой бороздки
A-форма правая 28 11 17.2 (A/A12 - B/C32) 7.9 (A/A2 - B/C33)
B-форма правая 33 10 18.0 (A/A6 - B/T32) 11.7 (A/C12 - B/G33)
Z-форма левая 43.5 12 23.0 (A/C2 - B/G15) 8.7 (A/G7 - B/G19)

Исследуем тРНК 1F7U

1F7U - это комплекс ArgRS с тРНК^Arg. Цепь B – это тРНК; нумерация нуклеотидов берётся из исходного pdb файла, поэтому нумерация оснований начинается с 901 (длина тРНК - 76 нуклеотидов).

Выдача find_pair

Для удобства будем указывать индексы нуклеотидов для тРНК отдельно от белковой части. Номера нуклеотидов образующих стебли: (1-7 и 66-72); (10-13 и 22-25); (39-44 и 26-31) ; (49-53 и 61-65)

В данной тРНК есть 9 неканониических пар оснований.

PSU901 – A972
U905 – G968 (wobble)
5MU954 – 1MA958 (модифицированные основания)
PSU955 – G917
A943 – PSU927
A944 – M2G926
C913 – C922
A914 – U908
A915 – U948

Дополнительно образуют водородные пары:

954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958
955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917
914_:[..A]A-**--U[..U]:.908
915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948
918_:[..G]G-----C[..C]:.956