При поиске самой длинной код. посл. гена на странице результатов отображается:
1.Расположение выравниваний в кариотипе(хромосомах)
2.Расположения выравниваний в исходной последовательности
(красным- наиболее консервативные участки, выровнявшиеся с наиб. количеством находок).
3.В таблице- краткая сводка о выравниваниях:
Ссылки на вырывнивания[A], соответств. участки генома[G], подробное описание структуры данного участка[C], далее можно добавлять и убирать столбцы: название исходной последовательности, позиция выравнивания в ней, направление исходной посл. относительно находки("+"- прямое,"-"- обратное, насколько я понял), то же самое для находок(но направление находок- относительно их основной цепи), хромосом( в данном случае находки и хромосомы- одно и то же)и следудующих опций, как я их понял:
колонка contig- это один из перекрывающихся участков ДНК, полученный при дробном сиквенировании, в котором располагается выравнивание.
Supercontig- упорядоченный набор этих самых contig, но, возможно, с гэпами
В clone- клон ДНК, из которого выравнивание.
Lrg- что-то вроде эталонной базы данных аннотированых участков ДНК человека для выявления мутаций.
В последних колонках указана стондартная статистика для выравниваний(e-value, p-value, bit-score и т.д.)

По ссылке contigview переходим на страницу с детальным описанием выровненного участка. Позволяет просматривать различные аннотации компонентов данного участка(гены, консервативные и неконсервативные участки).
Первая картинка иллюстрирует гаплотипные участки- совместно наследующиеся( красным).
На следующей картинке синим- хромосома(чередование темно- и светло- синих участков- contigs).
Ensembl/Havana genes( желтым)- это, насколько я понял, автоматически и вручную аннотируемые гены.
Гены, кодирующие белки- красным( описаны только в Ensembl) или желтым( и в Havana, и в Ensembl); псевдогены- серые; некодирующие гены- голубые; РНК-кодирующие гены- светло-фиолетовые.
На следующей (главной) схеме примерно то же самое, плюс выравнивания кодирующих последовательностей. Сверху данные о прямой цепи. Снизу (под синей полоской)- об обратной.
В меню ссылки "configure this page" множество других опций отображаемого.

При поиске гена по его названию в человеческом геноме получилось 7 находок генов ( один и тот же ген, но в разных гаплотипах). При поиске без указания генома такие же гены нашлись еще в нескольких организмах(мышь, рыба Фугу, лягушка x.tropicalis)( по одной находке). В основном браузер ориентирован на челоческие гены.

В ссылке Tools дополнительные инструменты для обработки данных( не совсем понял что именно они делают) и преобразователь ID из старых релизов в новые. В ссылке BioMart, похоже, можно получить все гены выбранного организма из одной из баз данных.

2.Браузер Vega, на сколько я понял, представляет собой "уменьшенный" Ensembl с полными геномами только нескольких позвоночных (человек, горилла, мышь, кабан, собака, кенгуру Валлаби, рыбка Danio rerio), составленный по результатам ручного аннотирования Havana. В моем примере не показал расположение гена в хромосоме( верхняя схема), в остатльном по внешнему виду не отличить от Ensembl, видимо, на его платформе и устроен.